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「サマーゴーストって知ってる？」 ネットを通じて知り合った高校生、友也・あおい・涼。 都市伝説として囁かれる“通称：サマーゴースト”は若い女性の幽霊で、花火をすると姿を現すという。 自身が望む人生へ踏み出せない"友也" 居場所を見つけられない"あおい" 輝く未来が突然閉ざされた"涼" 彼等にはそれぞれ、サマーゴーストに会わなくてはならない理由があった。 生と死が交錯する夏の夜、各々の想いが向かう先はー。

ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。

近未来の大都市の一角に佇む忍者屋敷。 そこで暮らす忍者一族である石動家の長女・律花は研究者である父親に憧れていた。 平凡で幸せな生活が続くと思っていたとある日、突然何者かによって屋敷が襲撃を受けてしまう。絶体絶命の危機に果敢に立ち向かう律花だが――。 闇を斬り裂く“黒”になれ！

U.C.0097――。「ラプラスの箱」が開かれて一年。ニュータイプの存在とその権利に言及した「宇宙世紀憲章」の存在が明かされても、世界の枠組みが大きく変化することはなかった。のちに「ラプラス事変」と呼ばれる争乱は、ネオ・ジオン残党軍「袖付き」の瓦解で終結したかに見えた。その最後の戦闘で、2機のフル・サイコフレーム仕様のモビルスーツが、人知を超えた力を示す。白き一角獣と黒き獅子、2機の脅威は、封印されることで人々の意識から遠ざけられ、忘れ去られるはずだった……。しかし、2年前に消息不明となっていたRX-0 ユニコーンガンダム3号機が、地球圏に再びその姿を見せ始めた。金色の“不死鳥”……その名は、フェネクス――。