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炎を操る新人類バーニッシュの出現に端を発する惑星規模の発火現象である世界大炎上により、人口の半分が焼失してから30年が過ぎた世界。自治共和国プロメポリスでは、炎上テロを繰り返す過激派バーニッシュの集団マッドバーニッシュに対抗すべく、対バーニッシュ用装備を扱う高機動救命消防隊バーニングレスキューが消火活動を行っていた。 バーニングレスキューの新米隊員ガロ・ティモスは、火災現場でマッドバーニッシュの首魁である少年リオ・フォーティアと出会う。「燃えて消す」を流儀とするガロと「燃やさなければ生きていけない」と語るリオは、互いの信念をかけて熾烈な戦いを繰り広げる。 燃える魂をぶつけ合う二人の戦い、果たしてその先にあるものとは――

シュタインズゲートに到達してから1年後、まゆりも紅莉栖も死なない世界で、岡部は別の世界線では敵だった天王寺や萌郁とも良好な関係を築き、平穏ながらも幸せな日々を満喫していた。そんな中、アメリカの研究所にいた紅莉栖が、仕事を理由に1年ぶり秋葉原へと帰って来る。久しぶりの再会に喜びを分かち合う中、岡部は激しい頭痛に襲われ、次々に脳裏に浮かぶ別の世界線での記憶によって頭をかき乱される。 岡部は、過去の数限りない歴史改変とリーディングシュタイナー発動の代償として、R世界線にとばされることになる。時間跳躍のもたらす苦悩を知り抜いていた岡部は、過去改変を厳しく禁じていた。しかし、ダルやまゆりですら岡部の存在を忘れ、さらに紅莉栖自身も彼の記憶が薄れてしまった世界線で、紅莉栖は「何かこの世界に足りないもの」を取り戻すために、タイムリープに挑む。