Rei Nakahara

遍歴の騎士、ベディヴィエールが辿り着いた旅の果て―。そこは西暦1273年のエルサレム。かつての祈りの地は砂の大地と化し、民は住処を追われ三つの勢力が対峙する不毛の地。聖都、そして獅子王の命(めい)を守るべく集結した「円卓の騎士」。領地ごとこの地に召喚されるも、静かに現状打破を狙う「太陽王・オジマンディアス」。土地を奪われた民を守り、叛逆の機会を待つ「山の民」。己の成すべきことを果たすため、獅子王が統治する“聖都”を目指すベディヴィエールの前に現れたのは人理を修復すべくこの地を訪れた人類最後のマスター・藤丸立香とデミ・サーヴァントのマシュ・キリエライトであった。ベディヴィエールは藤丸たちと共に、最後の探索へと歩み出す。

千年パズルを完成させたことにより、≪闇遊戯≫という、もう１人の人格を呼び覚ました武藤遊戯。海馬コーポレーションの社長にして決闘者(デュエリスト)の頂点に君臨する海馬瀬人や、仲間たちと数々の死闘を繰り広げたが、過去との因縁により、もう1人の自分との闘いを余儀なくされ、遊戯と闇遊戯はついに決別し、別々の道へ旅立つこととなった--。そうして、闇遊戯との最後の決闘を終えて、日常を取り戻したかに見えた遊戯たち。その前に現れた謎の少年≪藍神(あいがみ)≫。そして、世界中で次々と起こる謎の失踪事件。ただひたすら千年パズルを探し求める海馬。すべてのピースが合わさるとき、再び決闘（デュエル）の幕が切って落とされる！

テレビアニメ『機動戦艦ナデシコ』の続編作品。テレビシリーズのラストから3年後が舞台となっている。 コメディー色の強かったTVシリーズと比べ、物語はシリアスかつハードなものとなっており、話も煮詰まったものとなっている（ただし要所要所にギャグが散りばめられている）。これはTVシリーズにおいて、主人公であるはずのアキトの成長をほとんど描くことが出来ていなかったため、それでは「余りに不憫だ」という監督の佐藤の意向で、彼の物語をルリの視点で追う形のものとなったためである。そのため、佐藤が脚本も手がけた。 加えてTV版ではスケジュールの関係で制作が駆け足だったことや、内容のウケ狙いに走りすぎ、「遊びすぎた」という反省点の元で立ち上がっている。プロデューサーの大月俊倫自身がもう少しシビアな内容を期待していたことと、（スタッフ内でもコメディ部分自体はアリとして）シリアスな場面も納得できる描き方をして欲しいという要望から、作品の総決算として制作された。 当時まだ無名に近かった仲間由紀恵が声優として出演していた（仲間は後日談で、声優としての仕事より取材・インタビューを受けていた時間の方が長かったと冗談半分で語っている）。 佐藤によるノベライズの予定もあったが、後に中止された。原稿の元データは一部を残し紛失しているようで、その一部は『機動戦艦ナデシコ・ノベルテ+』に収録されている。 1999年の第30回『星雲賞』映画演劇部門・メディア部門受賞作品。第21回『アニメグランプリ』グランプリ部門受賞作品。 キッズステーションの特番放送時にエンディング『Dearest』を短くしたバージョンが放映された。