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東京・八丈島近海に建設された、世界中の警察が持つ防犯カメラを繋ぐための海洋施設「パシフィック・ブイ」。本格稼働に向けて、ヨーロッパの警察組織・ユーロポールが管轄するネットワークと接続するため、世界各国のエンジニアが集結。そこでは顔認証システムを応用した、とある「新技術」のテストも進められていた―。 一方、園子の招待で八丈島にホエールウォッチングに来ていたコナン達 少年探偵団。するとコナンのもとへ沖矢昴(赤井秀一)から、ユーロポールの職員がドイツでジンに殺害された、という一本の電話が。不穏に思ったコナンは、「パシフィック・ブイ」の警備に向かっていた黒田兵衛ら警視庁関係者が乗る警備艇に忍び込み、施設内に潜入。すると、システム稼働に向け着々と準備が進められている施設内で、ひとりの女性エンジニアが黒ずくめの組織に誘拐される事件が発生…! さらに彼女が持っていた、ある情報を記すUSBメモリが組織の手に渡ってしまう… 海中で不気味に唸るスクリュー音。そして八丈島に宿泊していた灰原のもとにも、黒い影が忍び寄り…
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人と妖の間で忙しい毎日を送る夏目は、偶然昔の同級生・結城と再会したことで、妖にまつわる苦い記憶を思い出す。
そんな頃、夏目は、名前を返した妖の記憶に出てきた女性・津村容莉枝と知り合う。
レイコのことを知る彼女は、いまは一人息子の椋雄とともに穏やかに暮らしていた。
彼らとの交流に心が和む夏目。
だが、親子の住む町には謎の妖が潜んでいるらしかった。
そのことを調べに行った帰り、ニャンコ先生の体についてきた"妖の種"が、藤原家の庭先で、一夜のうちに木となって実をつける。
どことなく自分に似た形のその実を食べてしまったニャンコ先生が、なんと3つに分裂してしまう――!?
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ブッダとイエスは世紀末を何事もなく越え、バカンスを下界で過ごすことに。東京の立川にあるアパートで二人暮らしをスタートさせたものの、無意識のうちについ奇跡を起こしてしまい、近隣の人に怪しまれることもしばしば。それでも、ブッダはTシャツ作りを楽しみ、イエスはインターネットのドラマ感想ブログで人気者になるなど、下界での生活をエンジョイするようになり……。