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4年に1度開催されるスポーツの祭典、WSG(ワールド・スポーツ・ゲームス)の東京大会の開会式に併せて、最高時速1,000キロメートルという世界初の真空超電導リニアが開通することが発表される。世界から注目される中、WSGの大会スポンサーが集うパーティー会場から大企業のトップたちが誘拐されてしまう。コナンが解決に向けて動き出し、やがてアメリカのボストンで15年前に起きたWSG連続拉致事件との関連性を見いだす。
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サトシやピカチュウたちが旅をしていると、空から幻のポケモン、ボルケニオンが降ってくる。人間に傷つけられたポケモンたちとネーベル高原で生活している人間嫌いのボルケニオンだったが、なぜかサトシと不思議な鎖でつながれてしまう。サトシは、未知なる力を宿す人造ポケモン・マギアナを救出すべく超カラクリ都市・アゾット王国へ向かうボルケニオンと行動を共にすることになり……。
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ヒーロー番組『銀河防衛隊』に憧れたスネ夫とジャイアンがしずかを誘ってヒーローものの映画撮影を始めた。そこへドラえもんとのび太も加わり、監督ロボット・バーガー監督のもと、超能力が使えるスーツを着用しての本格映画を撮ることになった。しかし、ポックル星人アロンとの出会いにより、宇宙海賊団との本物の戦いに巻き込まれてしまう。 果たして、「銀河防衛隊」となったドラえもん達は宇宙海賊団の総攻撃からポックル星を守り抜くことはできるのか!?
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一人の男が処刑された。その男がルパン三世であることは、鑑識の結果確実だったが、当然銭形が信じるはずがない。銭形はルパンが埋葬されているドラキュラ城へと赴き、そこでルパンの生存を確認する。銭形はルパンを捕まえようとするが逃げられてしまう。ルパンはエジプトでピラミッドから「石」を盗み出した。その石は人間に永遠の生命を与えるとの言い伝えがある「賢者の石」と呼ばれるものだった。