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「サマーゴーストって知ってる？」 ネットを通じて知り合った高校生、友也・あおい・涼。 都市伝説として囁かれる“通称：サマーゴースト”は若い女性の幽霊で、花火をすると姿を現すという。 自身が望む人生へ踏み出せない"友也" 居場所を見つけられない"あおい" 輝く未来が突然閉ざされた"涼" 彼等にはそれぞれ、サマーゴーストに会わなくてはならない理由があった。 生と死が交錯する夏の夜、各々の想いが向かう先はー。

ミサトの率いる反ネルフ組織ヴィレは、コア化で赤く染まったパリ旧市街にいた。旗艦AAAヴンダーから選抜隊が降下し、残された封印柱に取りつく。復元オペの作業可能時間はわずか720秒。決死の作戦遂行中、ネルフのEVAが大群で接近し、マリの改8号機が迎撃を開始した。一方、シンジ、アスカ、アヤナミレイ（仮称）の3人は日本の大地をさまよい歩いていた……。