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クーデター騒ぎを経て5長官制度が廃止されてから1年後。 ACCAの新体制1周年を記念する祝祭を間近に控え、 ジーンは監察課の新人局員パロットと共にその準備にあたっていた。 一癖ある若手の扱いに戸惑いつつ多忙な日々を過ごすジーン。 また各区では、お祭りムードに沸く一方で、5長官にまつわる不穏な噂も囁かれていた。 そんな最中、ジーンは年頃を迎えた妹、 ロッタの様子がおかしいと彼女の担任教師から告げられてしまう。 一抹の不安を抱えたまま、出張先のビッラに向かったジーンは そこで旧友ニーノと久々の再会を果たす。
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日本のはるか南にある離島の那歩島(なぶとう)に、デクこと緑谷出久をはじめとする雄英高校ヒーロー科1年A組の面々が到着する。その目的は、伝説的ヒーローであるオールマイトの後継者育成プロジェクトの一環として、島民の生活を助ける期間限定の校外ヒーロー活動をすることだった。しばらく大きな事件が起きていない島で、彼らは忙しく動き回りながらもどこかゆったりと過ごしていた。だがある日、敵(ヴィラン)たちが前触れもなく那歩島に現れる。
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白熱の期末試験が終わり、夏休みの林間合宿を控えた雄英高校メンバー。デクとオールマイトは、ある人物からの招待を受け海外に浮かぶ巨大人工移動都市「I・アイランド」を訪れていた。世界中の科学研究者たちの英知が集まったまさにサイエンスハリウッドのような島で個性やヒーローアイテムの研究成果を展示した「I・エキスポ」が開催される中デクは“無個性”の少女・メリッサと出会う。メリッサに、かつて同じ“無個性”だった自分を重ねあわせるデク。その時、突如鉄壁のセキュリティを誇るアイランドの警備システムが敵(ヴィラン)にハッキングされ島内全ての人間が人質に獲られてしまう!いま、ヒーロー社会の構造を揺るがしかねない【ある計画】が発動する―!その鍵を握るは、平和の象徴(ナンバーワンヒーロー)・オールマイト。