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東京･八丈島近海に建設された、世界中の警察が持つ防犯カメラを繋ぐための海洋施設｢パシフィック･ブイ｣。本格稼働に向けて、ヨーロッパの警察組織･ユーロポールが管轄するネットワークと接続するため、世界各国のエンジニアが集結。そこでは顔認証システムを応用した、とある｢新技術｣のテストも進められていた―。 一方、園子の招待で八丈島にホエールウォッチングに来ていたコナン達 少年探偵団。するとコナンのもとへ沖矢昴(赤井秀一)から、ユーロポールの職員がドイツでジンに殺害された、という一本の電話が。不穏に思ったコナンは、｢パシフィック･ブイ｣の警備に向かっていた黒田兵衛ら警視庁関係者が乗る警備艇に忍び込み、施設内に潜入。すると、システム稼働に向け着々と準備が進められている施設内で、ひとりの女性エンジニアが黒ずくめの組織に誘拐される事件が発生…！ さらに彼女が持っていた、ある情報を記すUSBメモリが組織の手に渡ってしまう… 海中で不気味に唸るスクリュー音。そして八丈島に宿泊していた灰原のもとにも、黒い影が忍び寄り…
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世界で一番危険な結婚式ーー
ハロウィンシーズンで賑わう東京渋谷。
渋谷ヒカリエでとある結婚式が執り行われていた。そこには、ウェディングドレスに身を包んだ警視庁・佐藤刑事の花嫁姿。コナン達招待客が見守る中、突然乱入してきた暴漢が襲い掛かり、守ろうとした高木刑事の身に危機が―!? 事態は収束し高木は無事だったが、佐藤の瞳には、3年前の連続爆破事件で、想いを寄せていた松田刑事が殉職してしまった際に見えた死神のイメージが、高木に重なって見えていた。 因縁の爆弾魔ーー
時を同じくして、その連続爆破事件の犯人が脱獄。果たしてこれは偶然なのか？ 公安警察の降谷零（安室透）が、同期である松田刑事を葬った因縁の相手を追い詰めるが、そこに現れた謎の仮装の人物に、首輪爆弾をつけられてしまう。 〈時間〉が動き始めるーー
首輪爆弾解除のために安室が潜伏している地下シェルターを訪れたコナンは、3年前に今は亡き警察学校時代の同期メンバー達と正体不明の仮装爆弾犯「プラーミャ」と渋谷で遭遇した事件の話を聞く。やがて、捜査を進めるコナン達を狙う不穏な影が―。
火が灯された運命のスクランブル。
いま、祝祭のハロウィンが狂乱の夜行へと変貌する―！ 失った過去と、受け継がれた現在。〈時間〉が交錯する時、祝祭のハロウィンが、狂乱の夜行へと変貌する―！
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Anpanman, his friends, and the cloud child Fuwari strive to save Cloud Country. In order for flowers and plants to be healthy, Cloud Country travels to distribute clouds that can make rain and rainbows to various towns and stars. A cloud baby born in Cloud Country runs across Baikinman and his friends. After meeting them, the baby gets the name Fuwari and quickly grows while developing a bond with Dokin-chan.
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4年に1度開催されるスポーツの祭典、WSG（ワールド・スポーツ・ゲームス）の東京大会の開会式に併せて、最高時速1,000キロメートルという世界初の真空超電導リニアが開通することが発表される。世界から注目される中、WSGの大会スポンサーが集うパーティー会場から大企業のトップたちが誘拐されてしまう。コナンが解決に向けて動き出し、やがてアメリカのボストンで15年前に起きたWSG連続拉致事件との関連性を見いだす。
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東京サミットの会場を予定していたリゾート施設"エッジ・オブ・オーシャン"で大規模な爆発があった。現場を警備していた警察官が死傷したというニュースの中に、コナンは安室透の姿を見つける。一方、警視庁の捜査会議では現場の遺留品に小五郎の指紋があったことから、小五郎が容疑者として逮捕されてしまう。公安の捏造を疑うコナンは安室に問い詰めるが、安室の態度は冷たいもので……。安室透は敵なのか？ そして事件の真実とは？
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東京サミットの会場を予定していたリゾート施設"エッジ・オブ・オーシャン"で大規模な爆発があった。現場を警備していた警察官が死傷したというニュースの中に、コナンは安室透の姿を見つける。一方、警視庁の捜査会議では現場の遺留品に小五郎の指紋があったことから、小五郎が容疑者として逮捕されてしまう。公安の捏造を疑うコナンは安室に問い詰めるが、安室の態度は冷たいもので……。安室透は敵なのか？ そして事件の真実とは？
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日本の競技かるた界を牽引する皐月会主催の大会“皐月杯”の会見に招待された小五郎とともに、大阪にやって来たコナンたち。だが、会見会場のテレビ局で爆破事件が発生、コナンは崩壊するビルの中に取り残された西の名探偵・服部平次と幼なじみの和葉を辛うじて救出する。コナンと平次が、目的不明で犯行声明もないこの事件に疑問を抱く一方、彼らの前に平次の婚約者だという競技かるたの高校生チャンピオン、紅葉が現われて……。
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新一と蘭は、蘭が空手の大会で優勝したお祝いに遊園地・トロピカルランドに行くことに。せっかくのデートにも関わらず、そこで2人は、とある事件に巻き込まれてしまう。 2人が乗ったジェットコースターで殺人事件が発生したのだ。容疑者は7人。その中には黒ずくめの組織のジン、ウォッカの姿も。 新一は殺害トリックを見破って、見事に事件を解決するのだが…。
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漆黒の夜、警察庁にスパイの女が侵入、公安警察の安室透が駆けつけるが、女は車で逃走する。だがそこへ現われたFBIの狙撃手・赤井秀一が放った弾丸により、車は橋の下へと転落して行った。翌日。リニューアルオープンした東都水族館へとやって来たコナンたちは、記憶を失った女性と出会う。彼女の目が左右で色の違うオッドアイであることを知った灰原は、女性が黒ずくめの組織のNo．2“ラム”ではないかとおびえるが……。
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焼失したはずの名画「ひまわり」がニューヨークのオークションに出品され、鈴木財閥が落札。そこへその名画を狙って怪盗キッドが出現。後日、「ひまわり」を乗せたジェット機が日本へ向かう空で突如爆発。名画はキッドに奪われてしまう。コナンによって「ひまわり」は奪還したものの、キッドは逃走。コナンはキッドらしくない手口に違和感を覚える。そんな中、7枚すべての「ひまわり」を集めた展覧会が開催されることになり……。
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宝石店に怪盗キッドが現われ、コナンが追い詰めるも取り逃がしてしまう。だがコナンはいつものキッドと違う手口から、その正体がルパン三世の変装だったことを見抜く。そんな折、人気歌手エミリオが来日したというニュースが報じられるが、コナンは映像の中にルパン一味の次元大介の姿を見つけ、事件を予見する。やがてルパンから警察に宛て、米花町の銀行の金庫に眠る秘宝・チェリーサファイアをいただくという予告が届き……。
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京都・舞鶴湾で行なわれたイージス艦体験航海に参加したコナンたち。航海中、突如近づく不審船に艦内は不穏な空気に包まれる。隊員たちの冷静な対処で体験参加者たちは演習だと信じたが、コナンだけはそれが現実の危機だったことに気付く。そんな中、艦内で自衛隊員の左腕が発見される。灰原や阿笠博士、そして陸上の平次と協力して捜査に乗り出すコナン。やがてコナンは、艦内に某国のスパイ“X”が乗りこんでいることを知る！
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東都スタジアムでサッカー観戦を楽しんでいたコナンたち。その頃、毛利探偵事務所に大規模爆破を予告する電話が架かる。阻止するには犯人が残した謎の暗号を解読するしかない。蘭が新一に助けを求めた電話で犯行予告を知ったコナンは、暗号解読に乗り出す。次のターゲットは？ 犯人はなぜ、小五郎を狙うのか？ やがて解読に成功したコナンは同時に“あること”を知る。それは、この事件に仕掛けられた恐るべき陰謀であった！
