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全校生徒が、街から転校して来た小山夏紀を入れてもわずか5人しかいない村川村の小学校に通う、夏紀、周、康二、倫子、清は、行方不明になったうさぎのぴょん吉を探すために裏山へ。5人は、巨大なミステリーサークルとケガをした一匹の犬に出遭うが、それは犬ではなく、惑星プラネット・ワンからやって来た宇宙人だっだ。
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小学生の上原康一は下校途中、川岸に埋もれていた大きな石をみつけた。好奇心から割ってみたところ中には化石のように干からびた生物を見つける。それは、長い間地中で仮死状態になっていた河童の子供であった。康一は「クゥ」と名付け共に生活を始める。
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スティーヴンソンの小説「宝島」を読んで宝探しに憧れたのび太は、ドラえもんのひみつ道具「宝さがし地図」で宝島の在処を一回で突き止め、海への冒険に出発する。 いつものみんなも加わって冒険を楽しんでいたのも束の間、突然時空に異変が起き、のび太たちは17世紀のカリブ海へ転移。海賊の戦いに巻き込まれ、のび太はドラえもんたちとはぐれ、ドラえもんはポケットを失う。 ピンク色のイルカ「ルフィン」に助けられたのび太は無人島へ流れ着き、島で1人で暮していた少年ジャックと知り合う。一方ドラえもんたちは海賊キャプテン・キッドに助けられ、のび太を助けるために共に宝島のトモス島を目指すが、そこは謎の生物に満ちた未知の島だった。 のび太とドラえもんたちは再会できるのか。そしてトモス島とは一体何なのか?
