Miyuki Matsumoto

地球滅亡のカウントダウンが迫る中、かつての盟友である銀時、高杉、桂はそれぞれの想いを胸にひた走る。 だが彼らの前に立ちはだかったのは、あまりにも哀しい絆を持つ人物…… 銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽とは別の人格、虚（うつろ）だった――。 最後にして最大の敵・虚は、自らの命を終わらせるため、地球を丸ごと道連れにしようとしていた。 虚の野望を阻止し、師匠・松陽の悲願を胸に戦い続ける銀時たちを援護するため、新八、神楽、真選組、かぶき町の面々、かつてのライバルたちまでもが参戦する！ 巨大化してゆく虚の力。己の命をかけて対峙する高杉。 ぼろぼろになった銀時が最後に見たものとは…！銀時は果たして、すべてを終わらせることができるのか…！ 星の生命力“アルタナ”のエネルギーで生まれた魔人、虚（うつろ）。 長い年月をかけて生まれ変わりを繰り返してきた不老不死の化け物、 その中でつかの間に現れた人格が、かつて松下村塾を開き、幼い銀時たちを教え導いた師匠・吉田松陽だった…。

人里離れたジャングルの奥地に、厳しい掟で守られたポケモンたちの楽園・オコヤの森があった。そこへ偶然やって来たサトシとピカチュウの前に、幻のポケモン、ザルードによってポケモンとして育てられた少年ココが現れる。自分のことをポケモンだと信じて疑わないココにとって、初めての「ニンゲンの友達」となるサトシ。そんな中、突如としてオコヤの森に危機が迫り……。

「話をしようと思う。俺と、美遊の……これまでの話を」 世界は滅びに向かって進んでいた。 その歩みを止められるのは、〝聖杯〟たる美遊の犠牲のみ。 世界か、美遊か——。 〝世界の救済〟を掲げるエインズワースが突きつけられた問いに対し、イリヤが出した答えは、両方救うという単純な〝ワガママ〟だった。 戦いは小休止を迎え、一行は美遊と士郎が育った家に身を寄せる。 団らんのなか、士郎は、美遊との過去を話し始めた。 あらゆる願いを無差別に叶える神稚児だった美遊。 士郎は、切嗣と暮らしていた家に、身寄りのない彼女を引き取った。 それから、5年。二人は本当の兄妹のように平穏な暮らしを送ってきた。 しかし、そんな日常は突如として終わりを告げる。 美遊の生家へと訪れた二人。その前に、美遊を“奇跡”として希求する樹里庵が姿を現し——。 美遊と士郎、エインズワースの因縁が、ここに語られる。

サトシやピカチュウたちが旅をしていると、空から幻のポケモン、ボルケニオンが降ってくる。人間に傷つけられたポケモンたちとネーベル高原で生活している人間嫌いのボルケニオンだったが、なぜかサトシと不思議な鎖でつながれてしまう。サトシは、未知なる力を宿す人造ポケモン・マギアナを救出すべく超カラクリ都市・アゾット王国へ向かうボルケニオンと行動を共にすることになり……。

ヒーローに復帰したワイルドタイガーこと鏑木・T・虎徹とバーナビー・ブルックス Jr.。二人は2部リーグのヒーローとして相変わらず言い合いをしながらも、街の事件の解決に取り組んでいた。そんな中バーナビーは、スカイハイ、ブルーローズ、ドラゴンキッド、ファイヤーエンブレム、折紙サイクロン、ロックバイソンたちHERO TVで活躍する1部リーグのメンバーを見て、1部リーグに復帰したいとこぼす。バーナビーを諭しつつ複雑な思いを抱く虎徹。 一方、ワイルドタイガーとバーナビーの所属するアポロンメディアは、新たにカリスマ実業家のマーク・シュナイダーを新オーナーに迎え会社の立て直しを図っていた。その一環として、シュナイダーはバーナビーの1部リーグ復帰を決める。だが、バーナビーの相棒はワイルドタイガーではなく新ヒーロー、ゴールデンライアン（ライアン・ゴールドスミス）だった。 時を同じくしてシュテルンビルトでは奇妙な事件が連続する。伝説の女神がシュテルンビルトに下した天罰を思わせるその事件は、街の滅亡を暗示するのか……。その事件の影にうごめく三人のNEXT。事件の真の目的とは何か。女神伝説を祝うジャスティスデーが迫る中、謎に翻弄されるヒーローたちにさらなる危機が襲いかかる!!

ガパール山にお宝が眠っているという情報を聞きつけたゾロリ達。その山のふもとにあるガパパ村を訪れると、子供達の間で原因不明の伝染病・「しましま病」が大流行していた。ゾロリ達は、「伝染病の薬の材料を探し出す」「お宝を手に入れる」「子供達の病気を治してアリウスと結婚する」という野望を抱き、 アリウスとルクトと共にガパール山へと向かう。 お宝はトレジャーハンター「ゾロンド・ロン」に取られてしまったものの、何とか薬の材料を手に入れたゾロリ達。だが、完成した薬は苦すぎて大人でさえも飲むことができない。そこでゾロリは、薬を甘くするためにブルルが社長を受け持つ「ブルル製菓」へと侵入を計画する。