Yosuke Anai

見滝原町に暮らす中学生のまどかは魔法少女。親友のさやか、先輩のマミ、隣町から転校してきた杏子とともに、人の悪夢が具現化した怪物・ナイトメアと戦い続けていた。そんなある日、まどかのクラスにほむらという転校生がやって来る。彼女もまた新たな魔法少女だった。5人となった魔法少女たちは、激しい戦いの一方で仲間との絆に充実した日々を送る。だがやがて、ほむらはあまりに理想的なこの世界に強い違和感を覚え始める。

魔女との戦いで傷ついていく仲間たちの姿に心を痛めるまどか。キュゥべえは、途方もないポテンシャルを秘めたまどかなら並外れた魔法少女になれると契約をうながすが、まどかはまだ心を決められずにいた。一方、同じ魔法少女ながら、ある理由でキュゥべえを敵視し、まどかの契約を妨げるほむらは、自身が契約とひきかえに望んだ心からの願いに想いをはせる。そんな中、最強の魔女《ワルプルギスの夜》が姿を現わそうとしていた。

平凡な女子中学生まどかは、ある日の放課後、親友のさやかと奇怪な異空間にとらわれてしまう。異様な怪物に襲われた2人を救ったのは、同じ学校の先輩で、戦う魔法少女に変身したマミだった。言葉をしゃべる不思議な生き物・キュゥべえから、どんな願いも叶えることを条件に、マミのような魔法少女にならないかと誘われる2人。だが、まどかのクラスの転校生で同じく魔法少女だったほむらが、なぜかまどかの契約を激しく妨害する。

人と魔物の大きな戦い「人魔戦争」が終結してから数年。先の皇帝が崩御したのち、帝国では空位状態が続いてはいたが、世界は概ね平和に見えた——。人々は根源たる力・エアルによって、繁栄を築き上げようとしていた。結晶化したエアルは魔核と呼ばれ、魔導器の動力源として暮らしに欠かせぬあらゆるものから、町を護る結界まで作り出していた。 そんな或る日、シゾンタニアの町に程近い、深い森のなか。帝国騎士団ナイレン隊に所属する新人騎士ユーリ・ローウェル、フレン・シーフォ、そしてふたりの先輩である双子姉妹騎士ヒスカとシャスティルは、エアル異常噴出の調査とそれに伴う魔物撃退の任務をこなしていた。騎士団にあこがれて、理想を胸に入団したユーリ・ローウェル。規律と正義を重んじるフレン・シーフォ。ふたりは帝都ザーフィアスの下町で育った幼なじみだったが、偶然入団式で数年ぶりの再会を果たしたのだった。 騎士団の隊長ナイレンは、異変を巡る調査を進めるにつれて、森の遺跡内に未知の魔導器が存在すると睨んだ。そして探索を進める最中、シゾンタニア一帯を巻き込む、大規模な異変が巻き起こる･･････。 騎士団員として行動を共にしながら、その主義の相違により反発しあうユーリとフレン。帝国の暗部を知ったふたりは、やがてそれぞれの「正義」を貫く覚悟を迫られることになる･･････。