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七つの特異点での戦いを遂行し、 ついに聖杯探索グランドオーダーの最終地点――終局特異点、冠位時間神殿ソロモンへと到達した 人理継続保障機関・カルデア。 全ての元凶である魔術王ソロモンを倒し、未来を取り戻す。 そのときを間近に控えた一行は、それぞれの時間を過ごしていた。 ロマニ・アーキマンは自分がこれから行うであろう選択に、マシュは限りのある命に、思いを馳せる。 そして最後の作戦を控えた藤丸は、新たな礼装に身を包もうとしていた。 これまでに得た多くの出会い、そして多くの未来を賭け、 藤丸とマシュはついに最後の作戦へと赴く……。
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サトシやピカチュウたちが旅をしていると、空から幻のポケモン、ボルケニオンが降ってくる。人間に傷つけられたポケモンたちとネーベル高原で生活している人間嫌いのボルケニオンだったが、なぜかサトシと不思議な鎖でつながれてしまう。サトシは、未知なる力を宿す人造ポケモン・マギアナを救出すべく超カラクリ都市・アゾット王国へ向かうボルケニオンと行動を共にすることになり……。
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マナは、祖母の五十鈴と母のあゆみが着たというウェディングドレスをあゆみから貰う。「このドレスを着るのはいつだろう」とマナが思っていた時に、謎の男マシューが現れ、過去の世界へ飛ばされてしまう。過去の世界で亡くなった祖母の五十鈴やかつて飼っていた愛犬のマロと再会するが、六花やありすがおらず、思い出が書き換わったと知る。このままでは過去も未来も変わってしまうと、それを守るため行動を起こす。