Hirotake Nagata

ルパン、次元、五エ門の3人はドイツのプローラに潜入し、かつて日本がナチス・ドイツと同盟を結んでいた当時に友好の証としてアドルフ・ヒトラーへ提供された「地獄如来像」を盗み出す計画を実行。大規模な警備をものともせずに像を盗み出し、銭形の追跡から逃れようとしていた途中、像を狙うモルガーナの戦闘ヘリに襲撃される。ヘリのミサイル攻撃からルパンは辛くも逃げ切るが、銭形は爆炎に巻き込まれてしまい、煙の中から彼のトレードマークの帽子だけが転がり出てきた。後日、銭形の葬儀がしめやかに行われた。ルパン達は自分達なりの方法で銭形の冥福を祈り、再び動き出す。

世界大戦後の廃墟で生き延びていた女性兵士デュナンは、人類への奉仕者として肉体・感情を制御されたクローン人間バイオロイドの管理する理想都市オリュンポスに連行され、そこで全身サイボーグ化していた恋人ブリアレオスと再会する。彼の所属する元老院ESWATの一員となったデュナンは、やがてバイオロイドの開発とオリュンポス計画に自分の両親が関わっていた事実を知り、自身もバイオロイドの軛を解き放つ鍵「アップルシード」をめぐる陰謀に巻き込まれていく。