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父・辰夫、祖父・源三と一緒に、北方四島の一つである色丹島に暮らしている10歳の淳平と7歳の寛太の兄弟。1945年に太平洋戦争が終わり、日本がポツダム宣言を受諾することに。その直後、ソ連軍が、択捉島、国後島、歯舞群島、色丹島に上陸して進駐し、淳平と寛太が通う学校にも兵士がなだれ込んでくる。やがて、二人はロシア人少女と心を通わせるようになるが……。
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夏休みに入り、小学校6年生のユウタは一人でダムのそばの山里に昆虫採集にやって来る。そこは交通事故で亡くなった父親とよくカブトムシを探しに来た二人の思い出の場所で、彼はそこで不思議な老人と出会い飲み物を分け与える。やがてユウタは突然の豪雨で足をすくわれ意識を失い、目を覚ますと30年以上前の村にタイムスリップしていた。
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父を事故で亡くしたももは母と共に母がかつて住んでいた瀬戸内の汐島に移り住む。ももは生前の父と喧嘩して仲直りができないまま死別し、彼女へ父が残した「ももへ」とだけ書かれた書きかけの手紙のことが気にかかっていた。慣れない島の生活に周りの人ともなかなか打ち解けられずにいたが、ある日、イワ・カワ・マメという3匹の妖怪と遭遇する。