Tokuhiro Itagaki

大宮忍と、彼女の家にホームステイしているイギリス人留学生アリス・カータレット、さらには小路綾と猪熊陽子、アリスの幼なじみの九条カレンは仲良しグループ。高校2年生の秋、彼女たちにとって2度目の学校祭が近づき、忍はそわそわしていた。その理由は、学校祭で披露するクラスの演劇で脚本と衣装のリーダーを任されていたのだ。別のクラスのアリスや陽子も忍のことが気になり……。

ユーロピア共和国連合の特殊部隊“wZERO”のパイロットである日向アキトらは、「方舟の船団」によるテロが敵であるユーロ・ブリタニアの計略だと気付く。アキトたちはユーロ・ブリタニアの本拠・大型飛行艇ガリア・グランデを攻撃、激しい戦闘を繰り広げる。そんな中、司令官レイラ・マルカルがいるwZERO部隊の拠点・ヴァイスボルフ城をユーロ・ブリタニアが襲撃。さらに首都パリでは、ジィーン・スマイラス将軍によるクーデターが決起され……。

イノベイドの力による支配で地球人類を導こうとしたリボンズ・アルマークとソレスタルビーイング（CB）の死闘は、真のイノベイターへの覚醒を遂げて人間同士の相互理解への道を示した、刹那・F・セイエイの勝利によって幕を閉じた。情報操作によって悪行を隠蔽し続けていた独立治安維持部隊アロウズは解体され、世界は再編成された地球連邦平和維持軍（連邦軍）の下で、ようやく真の平和へ向けて歩み始めたのだった。 それから2年後の西暦2314年。表舞台から姿を消したCBの刹那やロックオン・ストラトス達は戦争の抑止力となるべく、密かに活動を続けていた。しかし、新たな戦争の火種が迫りつつあった。発端は、130年前に廃船となったはずの木星探査船「エウロパ」の地球圏への漂着。エウロパには一切の生体反応が無かったが、地球への突入を防ぐために連邦軍のイノベイターであるデカルト・シャーマン大尉の手で破壊された。しかし、この一件以降、無人の乗り物の暴走、イノベイターへ覚醒しつつある人々への脳量子波の干渉、人体へ寄生する謎の金属生命体の発見などの怪事件が頻発し始めた。 新たな戦いを予期したCBは、謎の金属生命体の調査を開始する。

感染から60日で石化し死に至る奇病メドゥーサ。「致死率100%」の病魔の治療法を未来に求めて、少女カスミはコールドスリープ資格者に選ばれた。同じ病に侵された双子の姉シズクとの果たせない再会を夢見、深い眠りにつくカスミ。しかし、目覚めた彼女を待ち受けていたのは、不気味なイバラと怪物が支配する変わり果てた施設の姿だった。なぜ怪物が? 何年の刻が過ぎたのか? ウィルスの治療法は? そして世界は? 全ての情報が遮断された極限の状況下で、混乱と哀しみを抱いた7人の脱出劇が、今、幕を開ける･･･。