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東京・八丈島近海に建設された、世界中の警察が持つ防犯カメラを繋ぐための海洋施設「パシフィック・ブイ」。本格稼働に向けて、ヨーロッパの警察組織・ユーロポールが管轄するネットワークと接続するため、世界各国のエンジニアが集結。そこでは顔認証システムを応用した、とある「新技術」のテストも進められていた―。 一方、園子の招待で八丈島にホエールウォッチングに来ていたコナン達 少年探偵団。するとコナンのもとへ沖矢昴(赤井秀一)から、ユーロポールの職員がドイツでジンに殺害された、という一本の電話が。不穏に思ったコナンは、「パシフィック・ブイ」の警備に向かっていた黒田兵衛ら警視庁関係者が乗る警備艇に忍び込み、施設内に潜入。すると、システム稼働に向け着々と準備が進められている施設内で、ひとりの女性エンジニアが黒ずくめの組織に誘拐される事件が発生…! さらに彼女が持っていた、ある情報を記すUSBメモリが組織の手に渡ってしまう… 海中で不気味に唸るスクリュー音。そして八丈島に宿泊していた灰原のもとにも、黒い影が忍び寄り…
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ヨコハマの裏社会に血嵐吹き荒れた「龍頭抗争」から6年後──。不可解な「霧」のなか、異能力者が自らの力を用いて命を断つという事件が世界各国で発生し、500人を越える死者を生んでいた。 内務省異能特務課は、これを「異能力者連続自殺事件」と命名。武装探偵社に、関与が疑われる謎深き異能力者・澁澤龍彦の確保を依頼する。しかし、時を同じくして太宰が消息を絶つ 。 さらに、事件の背後には魔人・フョードルの影がゆらめき・・・。 異能力者たちに次々と襲い掛かる、かつてない強敵。街が大いなる悪夢に飲みこまれんとするなか、敦は鏡花と共に澁澤の居城へ走る。だが、そこに現れた芥川から思いもよらぬ真実を告げられ・・・。
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西暦2199年、地球から遠く離れた大マゼラン星雲にある惑星イスカンダルで汚染浄化システム、コスモリバースシステムを受け取り帰路につく宇宙戦艦ヤマトの前に、ガトランティスのグタバ遠征軍大都督率いる雷鳴のゴラン・ダガームが現れる。ダガームはヤマトの引渡しを要求。さらにガトランティスの最新兵器、火焔直撃砲という空間を超越するビーム兵器で攻撃をしかける。すんでのところでワープし退避したヤマトは、薄鈍色の異空間を彷徨う。さらに導かれるように謎の惑星へと向かっていくヤマト。古代(声:小野大輔)らが調査のため惑星に降り立つと、そこにあるはずのない艦を見つける。この惑星こそ、ダガームの探す宝の星だった。ヤマトを追跡するダガームは、邪魔なヤマトをあぶりだそうと火焔直撃砲の砲門を惑星に向ける……。
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宝石店に怪盗キッドが現われ、コナンが追い詰めるも取り逃がしてしまう。だがコナンはいつものキッドと違う手口から、その正体がルパン三世の変装だったことを見抜く。そんな折、人気歌手エミリオが来日したというニュースが報じられるが、コナンは映像の中にルパン一味の次元大介の姿を見つけ、事件を予見する。やがてルパンから警察に宛て、米花町の銀行の金庫に眠る秘宝・チェリーサファイアをいただくという予告が届き……。
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雲の上に住んでいる小さなゾウの男の子、パオのお話。パオは、鼻から大きなハンカチを出し空の掃除をするザジおじさんのところで、毎日自分もハンカチを出す練習をしている。でも、一生懸命やっているのに、なかなかうまくいかない。 ほかに自分にできることはないかと、アンパンマンワールドにやってきたパオ。しかし、パン作りも牛乳配達も、みんなに期待された“きらきら希望サーカス”での芸も、何もかも失敗だらけ。パオは自信と希望を失くして、心を閉ざしてしまう。
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京都・舞鶴湾で行なわれたイージス艦体験航海に参加したコナンたち。航海中、突如近づく不審船に艦内は不穏な空気に包まれる。隊員たちの冷静な対処で体験参加者たちは演習だと信じたが、コナンだけはそれが現実の危機だったことに気付く。そんな中、艦内で自衛隊員の左腕が発見される。灰原や阿笠博士、そして陸上の平次と協力して捜査に乗り出すコナン。やがてコナンは、艦内に某国のスパイ“X”が乗りこんでいることを知る!