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マサラタウンで暮らす少年サトシは、ポケモントレーナーの資格を得る10歳の誕生日を楽しみにしていたが、当日の朝に大寝坊をしてしまう。慌ててオーキド研究所へポケモンをもらいに行ったサトシに残されていたのは、人間に懐こうとしないピカチュウだけだった。サトシとピカチュウはぶつかりあいながらも友情を深めていき、旅立つ日に偶然にも上空を飛んでいた伝説のポケモンと言われるホウオウを見て、いつか一緒に会いに行こうと約束する。旅の途中で出会ったトレーナーからホウオウにまつわる言い伝えを聞かされたサトシたちは、いつの間にかサトシの影に潜んでいた謎のポケモン、マーシャドーに導かれるようにして、ホウオウが住むテンセイ山を目指す。
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拓海は、赤城最速の男・高橋涼介とのバトルを前にして、そう呟く。拓海の脳裏には高橋涼介の姿が広がっていた。自分は走り屋ではないといい、家業の豆腐屋の手伝いで乗っていたハチロクには興味がなく、峠のバトルに熱意を示さなかった青年は自分のなかの変化に気付いていた。一方、高橋涼介はFC3Sの仕上げにかかっていた。彼の最終判断はマシンのスペックを下げること。340馬力から260馬力に下げ、パワーよりもトータルバランスを重視する。「屈辱だ」という涼介の口元からは笑みが消える。秋名の峠を舞台に、ふたりの運命を決定づける伝説のバトルが始まろうとしていた。ひとりが勝ち、ひとりが負ける。どちらが勝つのも負けるのも見たくない。その場の誰もが不思議な気持ちを抱えていた。公道に並んだハチロク、FC3Sの間に涼介の弟、啓介が立つ。運命のカウントダウンが刻まれる。勝負の時は拓海の未来とともに、今、走りだす!!
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木ノ葉の里に、死んだはずの“暁”メンバーたちが襲来してきた。ナルト達は撃退し、家族たちが暖かく迎える。ただ一人、天涯孤独の身であるナルトを除いて・・・。そんなナルトと、些細な親子喧嘩で家を飛び出してきたサクラの前に“うちはマダラ”が現れ、恐るべき瞳術を発動させる。ふと気がつくと、仮面の男は消え去り平穏な木ノ葉の里が帰ってきた。だが、そこに住む人々は何かがおかしい。さらにナルトの元には、本来この世にいるはずのない男女二人が・・・。