Kentaro Azuma

ひとりで本を読むことが好きな鈴原守は、幼なじみの千代野綾に片思いしていた。綾は親の都合で1週間後に東京へ引っ越すことが決まっていたが、間近に迫る17歳の誕生日をこの街で迎えたかったという綾の本音を知った守は、綾や友人たちと古い工場に潜り込み、そこで綾の誕生日までの7日間を、大人たちから逃れながら過ごそうとする。しかし、そこで不法滞在者のタイ人の子どもと出会ったことから、守と綾と仲間たちは、思いがけない事態へと巻き込まれていく。

光和2年。 世界は再編成された超合集国を中心にまとまり、平和な日々を謳歌していた。 しかし、平和は突如として終わりを告げる。仮面の男・ゼロとして、ナナリーの難民キャンプ慰問に同行したスザクが謎のナイトメアフレームに敗れ、 2人は連れ去られてしまった。 シュナイゼルの密命を受け、戦士の国・ジルクスタン王国に潜入したカレン、ロイド、咲世子はそこで、謎のギアスユーザーに襲われる。 そして、その場には襲撃者に“元嚮主様”と呼ばれる、C.C.が居た。 かつて神聖ブリタニア帝国の大軍すらも打ち破った無敵の王国を舞台に、人々が描く願いは、希望か絶望か。 果たして、ギアスのことを知るジルクスタン王宮の面々と、C.C.の思惑とは——。

イノベイドの力による支配で地球人類を導こうとしたリボンズ・アルマークとソレスタルビーイング（CB）の死闘は、真のイノベイターへの覚醒を遂げて人間同士の相互理解への道を示した、刹那・F・セイエイの勝利によって幕を閉じた。情報操作によって悪行を隠蔽し続けていた独立治安維持部隊アロウズは解体され、世界は再編成された地球連邦平和維持軍（連邦軍）の下で、ようやく真の平和へ向けて歩み始めたのだった。 それから2年後の西暦2314年。表舞台から姿を消したCBの刹那やロックオン・ストラトス達は戦争の抑止力となるべく、密かに活動を続けていた。しかし、新たな戦争の火種が迫りつつあった。発端は、130年前に廃船となったはずの木星探査船「エウロパ」の地球圏への漂着。エウロパには一切の生体反応が無かったが、地球への突入を防ぐために連邦軍のイノベイターであるデカルト・シャーマン大尉の手で破壊された。しかし、この一件以降、無人の乗り物の暴走、イノベイターへ覚醒しつつある人々への脳量子波の干渉、人体へ寄生する謎の金属生命体の発見などの怪事件が頻発し始めた。 新たな戦いを予期したCBは、謎の金属生命体の調査を開始する。

感染から60日で石化し死に至る奇病メドゥーサ。「致死率100%」の病魔の治療法を未来に求めて、少女カスミはコールドスリープ資格者に選ばれた。同じ病に侵された双子の姉シズクとの果たせない再会を夢見、深い眠りにつくカスミ。しかし、目覚めた彼女を待ち受けていたのは、不気味なイバラと怪物が支配する変わり果てた施設の姿だった。なぜ怪物が? 何年の刻が過ぎたのか? ウィルスの治療法は? そして世界は? 全ての情報が遮断された極限の状況下で、混乱と哀しみを抱いた7人の脱出劇が、今、幕を開ける･･･。