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千年パズルを完成させたことにより、≪闇遊戯≫という、もう1人の人格を呼び覚ました武藤遊戯。海馬コーポレーションの社長にして決闘者(デュエリスト)の頂点に君臨する海馬瀬人や、仲間たちと数々の死闘を繰り広げたが、過去との因縁により、もう1人の自分との闘いを余儀なくされ、遊戯と闇遊戯はついに決別し、別々の道へ旅立つこととなった--。そうして、闇遊戯との最後の決闘を終えて、日常を取り戻したかに見えた遊戯たち。その前に現れた謎の少年≪藍神(あいがみ)≫。そして、世界中で次々と起こる謎の失踪事件。ただひたすら千年パズルを探し求める海馬。すべてのピースが合わさるとき、再び決闘(デュエル)の幕が切って落とされる!
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父であるメフィストが善の心を取り戻し、アコはキュアミューズの役目も終わったとして父と共にメイジャーランドへ帰ることになった。その時、突然街にハウリング音が鳴り響き、街から音楽が消えてしまう事件が発生する。メイジャーランドに連絡を取ろうとするも、何故か反応が無い。
心配に思った響達はメイジャーランドに向かうが、いつも音楽で満ち溢れていたかつての面影は無く、音楽が消え世界は荒れ果て、人々は石のように無表情となり、音の鳴らない楽器を弾き続けたままだった。唯一動いていたアコの友達のスズは、このようになったのはアフロディテが突如変貌し、音楽を奪ってしまったからだと言う。真相を確かめるべく、アコとメフィストはアフロディテのいる城へ向かうが…。
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スズメバチに襲撃され母や仲間達と生き別れ一人旅をしていたみつばち王国の王子、ハッチ。たどり着いた人間の住むセピアタウンでクネクネやニョロリなどのたくさんの仲間に出会い友達になっていった。そしていつも一人ぼっちでハーモニカを吹いていた人間の少女、アミィと出会う。偶然から虫と喋る事ができるようになったアミィは、ハッチと友達になり約束を交わすのだが、やがてハッチはスズメバチがセピアタウンに移動していることスズメバチにハッチのママが捕らわれていることを知るのであった。
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小五郎に連れられ、太平洋の孤島・神海島(こうみじま)を訪れたコナンたち。そこでは海に沈む古代遺跡“海底宮殿”と、18世紀に実在した女海賊アン・ボニーとメアリ・リードの財宝伝説が語り継がれていた。そんな中、ダイビング中の蘭と園子は、宝を狙うトレジャーハンターチームのひとりがサメに襲われ死亡する現場を目撃する。不審なものを感じたコナンは捜査を進め、やがて謎の言葉“ジョリー・ロジャー”が浮かび上がる。
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ネットワークの発達した近未来……
裏電脳世界で邪悪な電脳生命体「ネビュラグレイ」が動き出す。 ある日、非物質化現象という「現実世界が消滅する」奇々怪々な事件が世界各地で発生。 これを食い止めるために父・光祐一朗に命じられ、
大手IT企業トリニティ・ブレイン社にあるヒカリタダシプログラムを破壊するためサイバーワールド最深部へと向かう熱斗とロックマン。
しかし破壊には失敗し非物質化現象は加速。熱斗の目の前で友人や多くの人々がその非物質化現象の犠牲となってしまう。 衝撃を受ける熱斗にさらなる事件が追い討ちをかけるように
かつて熱斗とロックマンが倒したはずの悪の科学者・Dr.リーガルが突如現れ、祐一朗を何処かへと連れ去ってしまう。 愕然となる熱斗の前にネットセイバー仲間である炎山とライカの二人が協力を申し出、
南海の孤島にある20年前に閉鎖されたアメロッパの軍事基地でネビュラグレイとの最終決戦を繰り広げる。
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15歳の誕生日に境内の井戸から戦国時代にタイムスリップした日暮かごめは、半妖怪・犬夜叉の封印を解いてしまう。こうして出会った二人は、妖力を秘めた“四魂の玉”のかけらをめぐって邪悪な妖怪たちとの戦いを繰り広げていく。だが新たに現れた大陸妖怪軍団の首領・瑪瑙丸の狙いは“四魂の玉”ではなく、犬夜叉が持つ鉄砕牙と呼ばれる剣だった。瑠璃と玻璃の美少女妖怪を従えた瑪瑙丸は、実はかつて犬夜叉の父と死闘の末に封印された過去を持っていたのだ。そして犬夜叉とかごめが出会った御神木にも隠された秘密が存在していた。