Kazuo Watanabe

見滝原町に暮らす中学生のまどかは魔法少女。親友のさやか、先輩のマミ、隣町から転校してきた杏子とともに、人の悪夢が具現化した怪物・ナイトメアと戦い続けていた。そんなある日、まどかのクラスにほむらという転校生がやって来る。彼女もまた新たな魔法少女だった。5人となった魔法少女たちは、激しい戦いの一方で仲間との絆に充実した日々を送る。だがやがて、ほむらはあまりに理想的なこの世界に強い違和感を覚え始める。

ある日、東京湾に輸送機が墜落する。その後湾岸の各所で何者かによってレイバーが襲撃される事件が連続して発生。警視庁城南署の刑事、久住と秦は各所で聞き込み捜査を進め、墜落事件の後に巨大なハゼが釣れていた事、墜落した輸送機の貨物コンテナに不審な点があることなどの奇妙で不審な点を突き止める。 その後、6月8日の雨の夜に若者の集うディスコクラブ「バビロン」で車に乗ったカップルの惨殺死体が発見される。時を同じくして近隣にあるバビロン工区の水上コンテナ備蓄基地で突如警報が作動し、停電と共に内部の職員と連絡がとれなくなる、という事態が発生。 近くを走行中のパトカー（城南4）に偶然乗っていた久住と秦は、警備員の通報を受けパトカーに乗る警官らと共に現場に急行。施設内部へと分け入る。しかし、そこで彼らが遭遇したのは廃棄物13号（WXIII）と名付けられた異形の怪物だった。

ズフ国は国王と王子パニシュが殺害されて以来、首狩り将軍による独裁政権が敷かれていた。将軍は国王が漂流島に隠したといわれる財宝を狙っていたが、今まで軍隊をもってしてもその財宝を手に入れられなかった。無数の白骨の転がるこの島にルパン達も足を踏み入れたが、島に備えられた驚異的な防御システムを前に撤退を余儀なくされたのだった。この島の防御システムの正体は何なのか。ルパン達はその鍵を握るとされる将軍の娘エメラに接近するが、銭形が仕掛けたおとり作戦にはまってしまい、アジトを将軍の軍隊に急襲される。