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2011年、夏。花小金井ひばりを初めとするアキハバラ電脳組のメンバーたちは、それぞれの夏休みをエンジョイしていた。ところがある日、アキハバラを中心にした半径500mの地面が隆起するという事件が起こる。その事件を解決すべく、ひばりたちは宇宙へと飛び立つ!!
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Ａ．Ｃ．１９６年、クリスマスイブ。リリーナ・ドーリアンは外交訪問中のＬ－３ Ｘ１８９９９コロニーで拉致され、一人の少女に出会う。少女の名はマリーメイア。 先年死去した世界国家の元首でＯＺ総帥を務めたトレーズ・クシュリナーダを父に持 つという。少女が父の覇権を継ぎ新たなる戦いを宣言したその頃、ヒイロ、デュオは 独自のルートでＸ１８９９９コロニーへの潜入を果たす。が、２人の前に敵となった 五飛とトロワが立ち塞がった！
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魔力で動く《ゴーレム》で有名な町ストーナーで、ライアという少女を助けたリナとナーガ。恩を着せてライアの家に転がり込んだ二人は、ともにゴーレム職人である父ガリアと兄ヒューイの険悪な関係を目の当たりにする。ガリアはリナを、ヒューイはナーガをモデルにゴーレム作りを開始するが、それが街の二人の実力者によって、大がかりなゴーレム対決に発展してしまう。リナとナーガも相互の誤解から、戦う気まんまん。最強のライバルがゴーレムの力を借りて雌雄を決する時がやって来た!
