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木ノ葉の里に、死んだはずの“暁”メンバーたちが襲来してきた。ナルト達は撃退し、家族たちが暖かく迎える。ただ一人、天涯孤独の身であるナルトを除いて・・・。そんなナルトと、些細な親子喧嘩で家を飛び出してきたサクラの前に“うちはマダラ”が現れ、恐るべき瞳術を発動させる。ふと気がつくと、仮面の男は消え去り平穏な木ノ葉の里が帰ってきた。だが、そこに住む人々は何かがおかしい。さらにナルトの元には、本来この世にいるはずのない男女二人が・・・。
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ある嵐の夜、山羊のメイは山小屋に避難した。同様に1匹のオオカミ(ガブ)も同じ山小屋に避難してきた。真っ暗な闇の中、かぜ気味で鼻の利かない2匹は互いの正体を知らないまま夜通し語り合い、意気投合する。そして「あらしのよるに」を合い言葉に翌日再び会う約束をする。
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陸の世界にあこがれるうずまき城に住むサニー姫。ある夜、サニー姫は海魔女のおばばから紅色ヒトデの髪飾りをこっそり持ち出し、荒れ果てた海の中を泳ぎ続ける。
気が付くと陸の世界で気絶している所をしょくぱんまんに助けられていたサニー姫。そのままアンパンマン達と一緒に過ごしていく。
しかしその頃海の世界では、サニー姫が紅色ヒトデの髪飾りを持ち出したため、石の怪獣「ゴロンゴラ」が目覚めてしまっていた。果たしてアンパンマン達は、海の世界を救えるのだろうか。
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本当の勇気を持つ者が手にすると、星を作ることが出来る魔法の杖・スタースティック。それを使うことが出来ないキラキラ星のお姫様・キララ姫は、キラキラ星を飛び出して本当の勇気を探す旅に出る。 旅に出てすぐ危ない目にあった彼女はアンパンマンに助けられ、彼に連れられてやって来たアンパンマンワールドでしばらく生活することに。 一方その頃、「鉄の王子様」に扮したばいきんまんは、鉄の星の住人を騙してジャイアントモグリンを作り、アンパンマンを倒そうとアンパンマンワールドへ向かっていた。