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悟飯の予備校受験のため、悟空は慣れないスーツを着せられチチから厳しく「教育パパ像」を吹き込まれていた。 悟空がそんな目にあっているとは知らず花見を楽しんでいた悟飯達のもとに宇宙船が降り立ち、中から一人のサイヤ人が現れる。彼はパラガスと名乗り、ベジータを新惑星ベジータの王として迎えに来たと言う。最初は興味が無かったベジータだったが、パラガスの「伝説の超サイヤ人を倒せるのは貴方しかいません」という口車に乗せられ彼とともに宇宙へ飛び立ってしまう。酔った勢いで宇宙船に乗り込もうとする亀仙人やそれを止めようとする悟飯、クリリン、ウーロンも巻き込まれ、ベジータを連れ戻そうとするトランクスも連れて。 同じころ、面接会場にいた悟空は界王から「大変なことが起きた」と呼び出された。界王によると伝説の超サイヤ人が南の銀河を破壊し、次は北の銀河が狙われているので、その討伐を頼まれたのだった。
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地球に帰還した孫悟空がフリーザ一味を倒してから2年半後、悟空は心臓病で息を引き取った。それから半年後、2人の人造人間が現れ、都市の破壊と殺戮を繰り返し、この世は恐怖に包まれた。2人を倒すべく立ち上がった戦士たちも、ピッコロが死に、ドラゴンボールは消滅。超サイヤ人となったベジータも死に、地球人戦士のヤムチャ、天津飯、餃子、クリリンも戦死した。 それから13年後、なすすべも無い状況の中、孫悟飯だけは、懸命に人造人間への反抗を続けていた。ベジータの遺児であるトランクスも戦う決意をし、悟飯に弟子入りする。地球の未来は悟飯とトランクスの2人に託されたのだった。
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人造人間17号によって、ドクター・ゲロは殺された。しかし、人造人間たちですら知らない極秘の地下研究施設では、ゲロの怨念を引き継いだスーパーコンピューターが引き続き「孫悟空抹殺」を目的に開発を続けていた。 デパートで買い物と食事を楽しむ悟空たちの前に、突如として謎の2人組が襲撃をかけ、街を破壊し始める。その存在に気付いた悟空は、2人に気が感じられないことから、ドクター・ゲロの作った人造人間であることを察知する。街中で戦う悟空とトランクスだったが、トランクスの咄嗟の一言で、人気のない場所へ誘き出す。 その頃、ドクター・ゲロの研究所では最後の人造人間・13号が完成し、悟空の元へと迫っていた。
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デンデが地球の神となり、その後も新ナメック星ではいつもとかわらず平和な日々が続いていた。しかし、ある時巨大な要塞が新ナメック星を覆った。 新ナメック星からの危機を知らされたデンデは孫悟空たちに救援を要請。悟空たちは大型の宇宙船で新ナメック星へと向かうが、そこに現れたのは、かつて悟空が倒したはずのフリーザの兄・クウラだった。 宇宙に一つのコンピューターチップがあった。それは長い歳月をかけてどんどん増殖していった。死んだと思われていたクウラは、脳だけで宇宙を漂っていたが、運良くそのコンピューターチップに辿り着き、巨大移動型要塞「ビッグゲテスター」を築き上げた。その後、新ナメック星を侵略するために覆い尽くしていたのである。 そして、悟空とクウラの因縁の対決が再び始まる。
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物語の始まりは、テレビスペシャル『ドラゴンボールZ たったひとりの最終決戦〜フリーザに挑んだZ戦士 孫悟空の父〜』で描かれたサイヤ人の故郷である惑星ベジータ崩壊の時まで遡る。
サイヤ人の中から伝説の超サイヤ人が現れ、いずれ自分の脅威となることを危惧したフリーザは、惑星ベジータもろともサイヤ人を皆殺しにしようとしていた。ただ1人そのことに気付いたバーダックは単身フリーザに挑むも返り討ちにされてしまう。ちょうどその頃、惑星ベジータからバーダックの息子・カカロット(後の孫悟空)を乗せた宇宙ポッドが辺境惑星に発射されていた。フリーザの兄であるクウラ一味はその一部始終を映像で見ていたが、地区を任されたフリーザの不注意でポッドを見落とした以上、弟自身が始末をつけるべきとして見逃した。
その20数年後、フリーザがサイヤ人に敗れたことを知ったクウラは、そのサイヤ人を滅ぼすためにクウラ機甲戦隊を引き連れて地球へと向かうのだった。
一方フリーザを撃退し、無事地球に帰還した孫悟空とその仲間たちは、山へキャンプに出かけていた。そこへ突如襲いくるクウラ機甲戦隊と戦う悟空だったが、一瞬の隙を突かれてクウラの光線を受けて息子の孫悟飯と共に滝つぼに沈み、悟空は重傷を負ってしまう。父を救うため、カリン様から仙豆をもらった悟飯は、機甲戦隊の猛攻に遭いながらもピッコロの助力を得て無事仙豆を届ける。しかし仲間のクリリンともども、機甲戦隊のサウザーに倒され、ピッコロでさえもクウラにやられてしまう。
無事全快した悟空は、ついにクウラと激突する。しかし、弟フリーザより1回多く変身できるクウラの最終形態に成す術が無い。その時、悟空の怒りが限界を超え、ついに悟空が超サイヤ人に目覚める。
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全宇宙を支配しようとたくらむ悪の宇宙人スラッグが、地球を最新型惑星クルーザーとして使用するために襲来。 太陽の光を直接浴びると1時間も生きていられない種族であるスラッグ軍団の魔族は、手始めに地球の太陽光線を遮断する。悟空たちはスラッグの野望を阻止しようと闘うが、スラッグの強さはあのフリーザや超サイヤ人をも上回るかもしれないという。悟空たちとスラッグ軍団との戦いが始まる。
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Bardock, Son Goku's father, is a low-ranking Saiyan soldier who was given the power to see into the future by the last remaining alien on a planet he just destroyed. He witnesses the destruction of his race and must now do his best to stop Frieza's impending massacre.
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平和な一時を過す悟空たちであったが、地球にはサイヤ人戦士ターレスの軍団が人知れず潜んでおり、不穏な空気が流れていた。ターレス一行は宇宙を暴れまわるクラッシャー軍団として恐れられ、近いうちには銀河を手中に収めんとするならず者の集まりであった。彼らは、星の生命を吸い上げて成長する神精樹を使い、その実を食べることで絶大な力を手にする。その神精樹の拠り所として選んだのが地球であった。神精樹の種が蒔かれた地球には次々と天変地異が起こる。北の界王から地球が衰退していくことを知らされた悟空たちZ戦士は、神精樹を破壊して地球を救うため、ターレスたちに戦いを挑む。
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悪の天才科学者Dr.ウィローの助手であるDr.コーチンはドラゴンボールを集め、永久氷壁の中からDr.ウィローを50年ぶりにこの世に蘇らせた。頭脳のみの存在であるDr.ウィローは、地上で最も強い人間の肉体を求めていた。彼は武術の神様と謳われた亀仙人こと武天老師に目を付け、自身が造った3体の凶暴戦士を亀仙人と戦わせた。ウーロンの頼みを受けて、危機に駆けつけた悟空たちの前に立ち塞がったのは、凶暴戦士たち、そして洗脳されたピッコロだった。悟空とピッコロの戦いを静観するDr.ウィローは、その戦闘力の高さを瞬時に見抜き、悟空の体を欲するようになる。