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悟飯の予備校受験のため、悟空は慣れないスーツを着せられチチから厳しく「教育パパ像」を吹き込まれていた。 悟空がそんな目にあっているとは知らず花見を楽しんでいた悟飯達のもとに宇宙船が降り立ち、中から一人のサイヤ人が現れる。彼はパラガスと名乗り、ベジータを新惑星ベジータの王として迎えに来たと言う。最初は興味が無かったベジータだったが、パラガスの「伝説の超サイヤ人を倒せるのは貴方しかいません」という口車に乗せられ彼とともに宇宙へ飛び立ってしまう。酔った勢いで宇宙船に乗り込もうとする亀仙人やそれを止めようとする悟飯、クリリン、ウーロンも巻き込まれ、ベジータを連れ戻そうとするトランクスも連れて。 同じころ、面接会場にいた悟空は界王から「大変なことが起きた」と呼び出された。界王によると伝説の超サイヤ人が南の銀河を破壊し、次は北の銀河が狙われているので、その討伐を頼まれたのだった。
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人造人間17号によって、ドクター・ゲロは殺された。しかし、人造人間たちですら知らない極秘の地下研究施設では、ゲロの怨念を引き継いだスーパーコンピューターが引き続き「孫悟空抹殺」を目的に開発を続けていた。 デパートで買い物と食事を楽しむ悟空たちの前に、突如として謎の2人組が襲撃をかけ、街を破壊し始める。その存在に気付いた悟空は、2人に気が感じられないことから、ドクター・ゲロの作った人造人間であることを察知する。街中で戦う悟空とトランクスだったが、トランクスの咄嗟の一言で、人気のない場所へ誘き出す。 その頃、ドクター・ゲロの研究所では最後の人造人間・13号が完成し、悟空の元へと迫っていた。
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デンデが地球の神となり、その後も新ナメック星ではいつもとかわらず平和な日々が続いていた。しかし、ある時巨大な要塞が新ナメック星を覆った。 新ナメック星からの危機を知らされたデンデは孫悟空たちに救援を要請。悟空たちは大型の宇宙船で新ナメック星へと向かうが、そこに現れたのは、かつて悟空が倒したはずのフリーザの兄・クウラだった。 宇宙に一つのコンピューターチップがあった。それは長い歳月をかけてどんどん増殖していった。死んだと思われていたクウラは、脳だけで宇宙を漂っていたが、運良くそのコンピューターチップに辿り着き、巨大移動型要塞「ビッグゲテスター」を築き上げた。その後、新ナメック星を侵略するために覆い尽くしていたのである。 そして、悟空とクウラの因縁の対決が再び始まる。