Soichi Sumida

4年に1度開催されるスポーツの祭典、WSG（ワールド・スポーツ・ゲームス）の東京大会の開会式に併せて、最高時速1,000キロメートルという世界初の真空超電導リニアが開通することが発表される。世界から注目される中、WSGの大会スポンサーが集うパーティー会場から大企業のトップたちが誘拐されてしまう。コナンが解決に向けて動き出し、やがてアメリカのボストンで15年前に起きたWSG連続拉致事件との関連性を見いだす。

日本のはるか南にある離島の那歩島(なぶとう)に、デクこと緑谷出久をはじめとする雄英高校ヒーロー科1年A組の面々が到着する。その目的は、伝説的ヒーローであるオールマイトの後継者育成プロジェクトの一環として、島民の生活を助ける期間限定の校外ヒーロー活動をすることだった。しばらく大きな事件が起きていない島で、彼らは忙しく動き回りながらもどこかゆったりと過ごしていた。だがある日、敵(ヴィラン)たちが前触れもなく那歩島に現れる。

白熱の期末試験が終わり、夏休みの林間合宿を控えた雄英高校メンバー。デクとオールマイトは、ある人物からの招待を受け海外に浮かぶ巨大人工移動都市「Ｉ・アイランド」を訪れていた。世界中の科学研究者たちの英知が集まったまさにサイエンスハリウッドのような島で個性やヒーローアイテムの研究成果を展示した「Ｉ・エキスポ」が開催される中デクは“無個性”の少女・メリッサと出会う。メリッサに、かつて同じ“無個性”だった自分を重ねあわせるデク。その時、突如鉄壁のセキュリティを誇るアイランドの警備システムが敵（ヴィラン）にハッキングされ島内全ての人間が人質に獲られてしまう！いま、ヒーロー社会の構造を揺るがしかねない【ある計画】が発動する―！その鍵を握るは、平和の象徴(ナンバーワンヒーロー)・オールマイト。