Yuichi Tagami

聖ミカエル騎士団の総帥シン・ヒュウガ・シャイングのギアスが暴走する中、wZEROのパイロット・日向アキトは兄との戦いを決意する。成瀬ユキヤの活躍によりユーロ・ブリタニア軍は3分の1に激減。しかし、本拠地ヴァイスボルフ城を包囲され、戦況は不利な状態のまま。そんな状況で、敵のアシュレイ・アシュラが新たな仲間に加わる。アキトは最後の戦いを前に、切った髪をレイラ・マルカルに渡す。

ユーロピア共和国連合の特殊部隊“wZERO”のパイロットである日向アキトらは、「方舟の船団」によるテロが敵であるユーロ・ブリタニアの計略だと気付く。アキトたちはユーロ・ブリタニアの本拠・大型飛行艇ガリア・グランデを攻撃、激しい戦闘を繰り広げる。そんな中、司令官レイラ・マルカルがいるwZERO部隊の拠点・ヴァイスボルフ城をユーロ・ブリタニアが襲撃。さらに首都パリでは、ジィーン・スマイラス将軍によるクーデターが決起され……。

任務を遂行して帰還するアギトたちワイバァン隊だったが、ある者の策略でID登録を抹消されたために駐屯地に入ることができなくなってしまう。当てもなくさまよう彼らは、旅の生活を続けている老婆の集団と過ごすことになる。つかの間の休息を取りながら、アキトやレイラらは、お互いの過去や素性について知っていくように。一方、ユーロ・ブリタニアに謎多き軍師ジュリアス・キングスレイが着任。シン・ヒュウガ・シャイングは、対ユーロピア戦線を指揮する彼の姿を静観しつつ、自身の野望を達成すべく動き始めようとしていた。

激化の一途をたどる、ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合の戦争。劣勢を強いられているユーロピア共和国連合軍は、ユーロ・ブリタニアの日本占領で国を失った少年少女を集めた特殊部隊wZEROに、陽動を目的とした敵中降下命令を下す。しかし、部隊のメンバーは隊長のレイラや日向アキトを筆頭に、5人しか残されていなかった。そのころ、ユーロ・ブリタニアではギアスという謎めいた力を用いて恩人を自死に向かわせたシンが、聖ミカエル騎士団の総帥となる。さらに、彼と配下のアシュラ隊に出動せよという指令が……。

異星人・天人（あまんと）の来訪によって開国した別の世界の江戸末期。かつて白夜叉の異名を取る凄腕の攘夷志士だった銀時は、現在では便利屋を営みながら仲間たちと平穏に暮らしていた。そんなある日、銀時は唐突に5年後の世界に連れて行かれる。そこで彼が目にしたものは、自分自身の墓と、奇病により荒廃した江戸の町だった。本来この世界にいない彼は、珍さんと名乗り、なぜか対立する神楽と新八に再会する。

皇暦2017年。日本ではルルーシュが大国ブリタニア帝国への反抗を繰り広げているころ、ヨーロッパ連合国E.U.もまたブリタニアの侵攻に圧倒されていた。そこでE.U.軍は特殊部隊「W-0」を編成。中でも元ブリタニアの貴族の少女レイラ・マルカルを司令官にパイロットの日向アキトら日本人の少年少女たちから成るナイトメア部隊は、生還の可能性の低い戦いに送り込まれる。