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霊界が突如、未曾有の大洪水に襲われた。ぼたんはコエンマの命令で閻魔大王の秘宝「冥界玉」を持って霊界を脱出し、幽助に知らせるべく人間界へ。ボロボロの状態で皿屋敷中学の屋上へたどり着いたぼたんは、幽助に重根神社のひなげしに会うよう告げて気を失う。 幽助を探して屋上へやってきた螢子にぼたんを任せ、桑原と共に重根神社に赴いた幽助は、冥界鬼に襲われたひなげしを救い出し、ぼたんを預けた先である幻海の寺で、霊界の様子を見に行った蔵馬とも合流。そして霊界の異変が、かつて人間界を支配しようと企んで閻魔大王に消滅させられた冥界の仕業であることを知った。人間界での冥界の復活を阻止し、水没した霊界を復活させるため、幽助たちはひなげしの案内で霊鬼門に向かうことに。また、この話を寺の外で聞いていた飛影は事態を静観しようとしていたが、寺に雪菜が来たことで単独で霊鬼門の一つを目指す。 しかし、人間界に冥界を復活させようと企む冥界の王の一派によって霊鬼門は次々と奪われ、幻海の結界を破って寺に侵入してきた冥界の王・耶雲とその部下・頼光に襲われた幻海が負傷。そして、耶雲の力の源である「冥界玉」を隠し持っていたぼたんが幻海の寺からさらわれる。その際、幽助とともに寺に戻ってきた螢子、そして幻海とともにぼたんの看病をしていた雪菜も襲われたことで、単独行動していた飛影も一行に加わり、耶雲とその部下達を倒すべく死闘を繰り広げる。