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5つのストーリーをオムニバス形式で構成。突然妖怪になってしまったケータ、8年後の世界にタイムスリップし妖怪になる前の飼い主エミちゃんに会ったジバニャン、弟ができたと母ちゃんに告げられるコマさん、 思い出とともにサンタ当番をこなすUSAピョン。それぞれの物語に隠されたメッセージとは何なのか。全く別の物語が最後の5つ目の物語の地「妖怪ワールド」で明らかになる。
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平凡な小学5年生の少年、ケータは不思議な腕時計・妖怪ウォッチを手に入れたことから、周りで騒動を起こす妖怪が目に見えるように。そんなある日、睡眠中のケータの腕から妖怪ウォッチが消えてしまう。その後、妖怪フユニャンと運命的な出会いを果たしたケータは、妖怪ウォッチを奪取するため、時を超えて60年前に向かう。しかし、そこには予想だにしない力を持つ敵が待っていた。
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カロス地方には生命を操るといわれる伝説のポケモンが2体存在していた。1体は生命を与える力を持ったポケモンで「ゼルネアス」と呼ばれた。一方でもう1体はあらゆる生命を奪う力を持ち、「イベルタル」と呼ばれていた。遙か昔、イベルタルはカロス地方の「オルアースの森」で自然やポケモンから生命を奪い、全てを石に変えた末に繭となって眠りについた。その後に現れたゼルネアスは自ら生命を与え、被害を抑える事に成功した。この一連の事件は後に「大破壊」と呼ばれる様になる。 そして時が流れ、舞台はメレシー達が平和に暮らす地底王国「ダイヤモンド鉱国」に移る。幻のポケモン「ディアンシー」が姫として治めている鉱国には巨大ダイヤモンド型のエネルギー源「聖なるダイヤ」が置かれており、鉱国はその鉱石によって形を保ち続けていた。
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The Raimon team has been invited by Fifth Sector strangely to a soccer camp. When they agree, things go out of hand since it was revealed that Fifth Sector wants to eliminate them once and for all in the island called God Eden. Now, the Raimon team needs to train harder, to be able to show that they have the strength to fight back and prove Fifth Sector's doings wrong.
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大手製薬会社・ダイダロスの巨大ビルで謎の男が仕掛けた時限爆弾が炸裂した。それを遠くから眺める男・ロックは爆弾を仕掛けたテロ組織「イカロスの亡霊」の一員で、ミスター・グッドマンと名乗る謎の黒幕に爆破の成功を伝える。その後、Ｂ・Ｊに謎の女が1億円の報酬で診察を依頼してくるが、これは「イカロスの亡霊」が仕掛けた罠だった。秘密の島・イカロス島に連れていかれたＢ・Ｊは「サタン」という悪魔の細菌に感染した患者３人の治療を依頼される。サタンは抗生物質も全く効かない細菌。もしも世の中に出たら、たちまち世界中で感染者が出てしまう。Ｂ・Ｊは「サタン」の驚異を防ぐことができるのか？そして、謎の黒幕、ミスター・グッドマンの正体とは？
