Peter Ackerman

ピギー・アイランドとの戦いから数年。怒りんぼうのレッドはバード・アイランドのヒーローとして、親友のチャック、ボムと島の平和を守っていた。そんなある日、宿敵ピッグ軍団のリーダー、レオナルドが休戦を申し出てくる。彼によると、第3の島イーグル・アイランドのイーグルたちが、スーパー兵器で2つの島を滅ぼそうとしているのだという。ブタたちを素直に信用できないレッドだったが、危機を前に両者は手を組むことに。

音楽で一旗揚げようとポーランドからアメリカへやって来たヤン・レヴァン。だが、やがて彼は、ファンを相手にした投資詐欺に手を染める。

まもなく我が子が誕生するマンモスのマニーは、パパになる準備に夢中。一方、サーベルタイガーのディエゴは平和ボケしてしまった自分を見つめ直すため、一人旅を決意。そんな彼らに取り残され、寂しさを感じていたナマケモノのシドはある時、氷に開いた穴に落ちてしまう。すると、そこで３つの卵を発見。家族が欲しいシドは、それらを持ち帰り育てることにするが、生まれてきたのは、なんとティラノサウルスの子どもだった。

約２万年前の地球。温暖化の波が押し寄せ、氷河期（アイス・エイジ）は終わろうとしていた。マニー、シド、ディエゴをはじめ谷の動物たちはこのポカポカ陽気を満喫している。しかしある日、マニーたちは仲間から“このままだと５日後には大洪水が起こる”という不吉な情報を得る。そして実際に、水をせき止めて谷を守っていた氷壁が割れ始め、谷の動物たちは急いで水の少ない谷の反対側へと大移動を開始。だが、彼らはその道中でさまざまな障害に遭遇してしまう。

2万年前の地球。寒さを避けて南へと移動する動物たちとは反対に、孤独を愛するマンモスのマニーだけは北へ向かう。仲間に置いて行かれ、身の危険を感じたナマケモノのシドはマンモスといれば安心とマニーについていく。その頃、人間たちの小さな集落をサーベルタイガーのソト率いる一軍が襲っていた。赤ん坊のロシャンを抱いて必死で逃げる母ナディアだったが、川に転落、母子に気づいたシドにロシャンを託し、ナディアは命を落とす。無関心のマニーをよそに、シドはロシャンを人間のもとに届けると言い出すと、そこへソトの仲間ディエゴが近づいてきた。

2万年前の地球。寒さを避けて南へと移動する動物たちとは反対に、孤独を愛するマンモスのマニーだけは北へ向かう。仲間に置いて行かれ、身の危険を感じたナマケモノのシドはマンモスといれば安心とマニーについていく。その頃、人間たちの小さな集落をサーベルタイガーのソト率いる一軍が襲っていた。赤ん坊のロシャンを抱いて必死で逃げる母ナディアだったが、川に転落、母子に気づいたシドにロシャンを託し、ナディアは命を落とす。無関心のマニーをよそに、シドはロシャンを人間のもとに届けると言い出すと、そこへソトの仲間ディエゴが近づいてきた。