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ネットワークの発達した近未来……
裏電脳世界で邪悪な電脳生命体「ネビュラグレイ」が動き出す。 ある日、非物質化現象という「現実世界が消滅する」奇々怪々な事件が世界各地で発生。 これを食い止めるために父・光祐一朗に命じられ、
大手IT企業トリニティ・ブレイン社にあるヒカリタダシプログラムを破壊するためサイバーワールド最深部へと向かう熱斗とロックマン。
しかし破壊には失敗し非物質化現象は加速。熱斗の目の前で友人や多くの人々がその非物質化現象の犠牲となってしまう。 衝撃を受ける熱斗にさらなる事件が追い討ちをかけるように
かつて熱斗とロックマンが倒したはずの悪の科学者・Dr.リーガルが突如現れ、祐一朗を何処かへと連れ去ってしまう。 愕然となる熱斗の前にネットセイバー仲間である炎山とライカの二人が協力を申し出、
南海の孤島にある20年前に閉鎖されたアメロッパの軍事基地でネビュラグレイとの最終決戦を繰り広げる。
