은하계를 탐험하던 토르는 오딘의 오랜 숙적 수르트와의 대결에서 승리하는데, 수르트는 라그나로크가 이미 시작됐고, 막을 수 없을 것이라는 의미심장한 말을 남긴다. 한편 오딘의 힘이 약해지며 그가 봉인했던 죽음의 여신 헬라가 나타난다. 오딘의 첫째딸인 그녀는 두 동생, 토르와 로키를 가볍게 제압하고 아스가르드를 정복한다. 헬라와의 전쟁에서 묠니르를 잃고 사카아르라는 미지의 행성에 불시착한 토르는 아스가르드 행성으로 돌아가기 위해 고군분투한다. 행성의 통치자 그랜드 마스터는 행성 최고의 투사 챔피언과 싸워 이기면 행성을 떠나게 해주겠다고 토르에게 제안한다.
돌아가신 아버지와 함께 살던 옛 집으로 돌아온 10대 소년 맥스는 어느 날 자신의 몸이 이상해짐을 느낀다. 믿을 수 없는 일과 함께 그 앞에 나타난 외계 생명체 스틸. 맥스의 힘을 감지하고 나타난 스틸은 그의 숨겨진 에너지를 끌어내기 시작한다. 그러나 자신의 힘을 노리는 존재로부터 위협을 느낀 맥스는 스틸과 함께 믿을 수 없는 진화를 하게 되는데...
어벤져스의 뉴욕 사건 후, 다시 신들의 고향인 아스가르드 왕국으로 돌아간 토르와 로키. 지구를 위협한 로키는 지하 감옥에 갇히고, 토르는 아버지 오딘과 함께 우주의 질서를 재정립하기 위해 나선다. 1년 후, 지구에 혼자 남은 제인은 우연히 태초부터 존재해왔던 어둠의 종족 다크 엘프의 무기 에테르를 얻게 된다. 이 사실을 안 다크엘프의 리더 말레키스는 에테르를 되찾기 위해 제인과 아스가르드를 공격하고, 토르는 사랑하는 여인 제인과 아스가르드 왕국을 지키기 위해 로키에게 위험한 동맹을 제안하게 된다.
아스가르드의 오딘이 잠들어있는 동안, 토르를 시기하는 이복형제 로키가 헐크를 통해서 토르를 죽이려고 한다. 토르의 사랑을 받지 못하는 아모르가 로키를 돕는데, 로키가 분노를 조절하지 못하자 그만 헐크가 맘대로 날뛰게 된다. 토르는 배너 박사가 죽자, 그 영혼을 구하러 죽음의 신인 헬라에게 찾아가는데...
한 마을이 괴물에게 당했다는 소식을 듣고 울버린이 출동한다. 괴물의 정체를 찾던 와중에 배너 박사를 만나게 되는데, 그만 웨폰 엑스 일당에게 잡혀서 연구실로 끌려간다. 연구실에선 울버린과 헐크를 함께 시험 중이다. 재프로그래밍을 당하려던 찰나에 가까스로 도망친 울버린은 함께 있던 배너 박사를 끌어내서 헐크로 변신시킨 후 웨폰 엑스 일당을 해치운다. 하지만 헐크는 울버린을 알아보지 못하고, 다시 결전을 치른다.
수퍼 군인 혈청으로 탄생한 캡틴 아메리카는 2차 세계대전이 한창이던 1945년, 나치와 전투를 벌이던 중 북극의 빙하에 갇혀 냉동된다. 21세기가 되어 그의 혈액으로부터 수퍼 군인 혈청을 추출하려는 미군에 의해 다시 깨어난 그는 또 다시 거대한 악의 세력에 위협받는 세계를 구하기 위해 나서야할 상황을 맞이하는데...
