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도쿄의 초등학교에 다니는 타카키와 아카리는 부모의 전근으로 막 이사왔다. 가정환경도, 적극성이 없다는 것도, 작은 체구에 병약한 부분도 같은 닮은 꼴이이었던 두 사람. 하지만 초등학교 졸업과 동시에 아카리의 이사가 결정된다. 뜻대로 되지 않는 사정을 이해하면서도 어린 아이이기에 쌓아올 수 있던 시간은 어린 아이이기에 무너지게 된다. 시간이 흘러 벚꽃의 계절을 눈앞에 둔 중학교 1학년 3학기, 이번에는 타카키가 카고시마로 전학을 가게 된다. 어린 시절의 후회와 아카리에게 줄 편지를 가슴에 품고 타카키는 그녀가 살고 있는 마을로 향하는데...
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2차 세계대전을 겪고 난 일본은 미국의 통치 지역과 유니온 정부의 통치 구역으로 나뉘면서 남북이 분단된다. 미국의 통치 지역인 아오모리현에 사는 히로키와 타쿠야는 분단 때문에 갈 수 없는 유니온 구역 하늘에 떠 있는, 우주로 향해 있는 탑을 동경한다. 그들은 직접 비행기를 만들어서 언젠가는 높은 탑 근처까지 날아갈 계획을 세운다. 히로키가 흠모하는 소녀 사유리도 계획에 가세하지만 세 사람은 어떤 이유 때문에 탑으로 가지 못하고 훌쩍 자라버린다. 그로부터 3년이란 시간이 흐른 뒤 히로키는 다시 한번 유니온 하늘에 솟아 있는 탑으로 비행기를 타고 가야겠다는 결심을 한다.
