Eddie returns to his home town hoping to pick up the pieces of his broken life. There he meets Amy, a mysterious young woman with an undeniable allure. Eddie falls for her, but he doesn't know that Amy is a conduit - a channel for evil that she must spread to others through attraction.
알 수 없는 사건으로 현실이 뒤바뀌고 외계인의 공격으로 위험에 빠진 지구. 게다가 MIB 소속 베테랑 요원 ‘케이(토미 리 존스)’는 하룻밤 사이에 감쪽같이 사라진다. 모든 것을 원래대로 되돌릴 수 있는 사건의 열쇠를 쥐고 있는 유일한 사람은 ‘케이’뿐인데… 사라진 파트너를 찾고 그동안 감춰졌던 우주의 비밀을 캐내기 위해 ‘제이(윌 스미스)’요원은 과거로 위험한 시간여행을 떠나게 되고, 그 곳에서 심하게 젊은(?) ‘케이(조쉬 브롤린)’와 마주하게 된다. 이제 이 둘은 24시간 안에 우주의 비밀을 풀고 현재로 돌아와야만 하는 MIB 사상 최고의 미션에 도전하게 되는데!
몇 번의 커다란 전쟁을 치르고 평화를 찾은 가까운 미래 세계. 인간들은 평화를 유지하기 위해 전쟁을 쇼로 만들어 벌인다. 그리고 그 대리전을 펼치는 두 회사 로스톡과 라우테른이 있다. 유럽 전선의 기지 우리스로 배속되어 온 전투 파일럿 간나미 유이치. 로스톡 소속의 그에게 이전의 기억이란 없다. 그가 유일하게 알고 있는 것은 자신이 키르도레라는 것과 전투기 조정법 뿐이다. 그런 유이치를 맞이한 기지의 여사령관 구사나기 스이토는 의미심장한 눈길로 그를 쫓고, 계속되는 전투는 로스톡의 승리로 이어진다. 결국 라우테른은 티쳐라 불리우는 강력한 에이스 파일럿을 전투에 투입시키는데…
