사악한 그노르가 여왕이 다스리는 요정나라, 트롤랜드에서는 꽃은 금지되고, 여왕의 검은 엄지는 착하고 아름다운 것은 무엇이나 돌덩이를 만들어 버린다. 그러나 스탠리는 다른 장난꾸러기 요정하고는 다르다. 친절하고 상냥하며 초록빛 엄지 손가락으로 꽃을 만들어낼 수도 있다. 하지만 스탠리는 용기없는 부끄럼장이. 어느날 스탠리의 착한 성품이 탄로나고 여왕 앞으로 끌려가 검은 엄지로 돌덩이가 될 위기에 빠진다. 하지만 어리숙한 로트 왕이 스탠리를 아무도 살지 않는 뉴욕 헌편에 가두어 버리자고 한다. 이렇게 해서 스탠리는 센트럴 파크에 온다. 근처에 보모의 눈을 피해 놀러온 고집 센 꼬마 거스와 여동생 로지가 우연히 스탠리와 만나게 되고 스탠리는 꼬마 숙녀 로지를 위해 초록 엄지로 작은 정원을 만들어 준다. 그러나 거스는 스탠리가 외계인일거라 생각하며 멀리한다. 그러나 곧 스탠리의 진심을 알게 되어 친구가 된다. 이때 이를 눈여겨 보는 이가 있엇으니. 수정 구슬로 스탠리와 거스, 로지를 지켜보고 있는그노르가 여왕. 자신의 벌이 전혀 효과를 발휘하지 못한 것을 알게 되자 여왕은 로트 왕, 애견 보보와 함께 소용돌이 바람을 타고 센트럴 파크로 날아오는데…
옛날 어느 마을에 엄지손가락 만한 여자 아이가 살았다. 항상 아이를 갖고 싶어하던 엄마가 착한 미녀에게 보리씨를 얻어 화분에 심어, 씨앗이 자라 꽃을 피우자 그 속에서 그 아이가 기지개를 펴며 나왔던 것. 그 아이는 썸벨리나라는 예쁜 이름도 갖게 되었다. 썸벨리나는 엄마를 무척 사랑했지만 자기와 같은 크기를 지닌 사람을 만나고 싶었다. 하루는 썸벨리나가 노래하고 있는데 요정 코넬리우스 왕자가 노래 소리를 듣고 날아왔다. 그들은 만나자마자 사랑에 빠졌고, 다음날 아침에 다시 만나기로 하고 헤어진다. 썸벨리나는 코넬리우스 왕자와 함께할 아름다운 미래를 꿈꾸며 잠이 든다. 그러나 썸벨리나가 잠에서 깨어났을 때, 그녀는 연못 한가운데 있었다. 두꺼비 델로레스 토드 부인 또한 썸벨리나의 노래소리를 듣고 아들과 결혼시키기 위해 납치한 것. 다행히 지나가던 자퀴모라는 제비가 썸벨리나를 구해 준다. 그리고 그는 썸벨리나에게 자신의 마음을 쫓아 왕자님을 찾아가라고 했다. 썸벨리나는 무슨 일이 있어도 코넬리우스 왕자를 찾아가야한다고 결심한다.
