돌연변이성 장관인 엑스맨 출신 비스트는, 제약 재벌 워렌 워딩턴 2세가 돌연변이 유전자를 영구히 제거하는 신약을 개발했으며 이를 빼내려던 매그니토의 오른팔 미스틱이 체포됐다는 보고를 받는다. 알칼리 호수에서 사라져 죽은 줄로만 알았던 진 그레이가 회생하여 돌아오고 자비에는 그녀의 숨겨진 이중자아 피닉스의 부활을 예감, 위험을 경고한다. 모든 상황을 인내해야 한다고 주장하는 엑스맨의 리더 자비에 교수와 적자생존의 법칙을 신봉하는 매그니토의 대립된 의견이 시험대에 오르고, 이는 세상의 모든 전쟁을 잠재울 최후의 전쟁으로 이어진다.
백악관의 대통령 집무실에 괴한이 침입한다. 인간의 눈에 포착되지 않을 만큼 빠른 움직임, 경호원들이 속수무책으로 당하고 괴한은 돌연변이 구호가 새겨진 단도를 남겨둔 채 사라진다. 암살기도가 있고 난 뒤 돌연변이에 대한 비난여론이 거세지는 가운데 돌연변이 전문가 스트라이커는 문제의 진원지로 사비에 영재학교를 지목하고 나선다. 한편 자비에 교수는 대통령 암살미수사건 이면에 정치적 음모가 있음을 간파하고 암살자를 추적, 스톰과 진을 급파하는 한편 사건의 단서를 얻기 위해 매그니토를 찾아간다.
뉴욕에서 멀리 떨어진 마을. 이 마을 아이들은 눈이 내리길 간절히 바라지만 날씨는 따뜻하기만 하다. 그러나 어느날 아침 세상은 밤새 내린 폭설로 하얗게 변해 있고 학교는 휴교령을 내린다. 수줍음 많은 15살 소년 헬(Hal Brandston: 마크 웨버 분)은 학교에서 제일 예쁜 여학생 클레어(Claire Bonner: 엠마뉴엘 크리퀴 분)를 짝사랑하고 이번 기회를 통해 그녀를 사로잡으려 한다. 기상예보관이 그의 아버지 톰(Tom Brandston: 체비 체이스 분)은 매번 우스꽝스러운 모습으로 TV에 등장해 사람들의 관심을 끌려하지만 실패하고 이번 폭설로 재기하려는 야무진 꿈을 꾼다. 눈이 오기를 매일밤 기도하던 헬의 동생 나탈리(Natalie Brandston: 제나 그레이 분)와 4살짜리 꼬마 렌디(Randy Brandston: 코너 매더스 분)는 눈 속에 파묻혀 행복한 시간을 보내고 이 생활이 계속되기만을 간절히 바란다.
