중학생인 나가미네 미카코와 테라오 노보루는 서로 좋아하는 사이다. 그러나 미카코는 국제 연합군 선발대의 멤버가 되고, 노보루는 평범한 고등학교에 진학한다. 미카코와 노보루 각자 지구와 우주에서 휴대 메일을 통해 서로 연락을 주고 받지만 우주군 전함 리시테아호가 목성 에우로파 기지를 경유해 태양계 안쪽으로 향하면서 메일이 왕복하는 시간은 점점 길어진다. 지구에서 미카코를 기다리고 있는 노보루는 초조하게 미카코의 메일을 손꼽아 기다리며 지낸다. 그러나 이윽고 리시테아 함대가 워프를 실시하자, 미카코와 노보루의 시간은 엇갈리고 마는데...
비가 내리던 날 '그녀'에게 주워진 고양이 쵸비는 그녀의 자그마한 아파트에서 함께 살게 된다. 쵸비에게 있어 그녀는 주인이라기 보다는 동거인이며 관찰의 대상이다. 출근 준비를 하는 그녀를 바라보거나, 따스한 햇살을 받으며 뒹굴거리거나, 가끔은 여자친구인 미미를 만나거나 하는 고양이 쵸비. 대화는 나누지 않지만 어느새 쵸비에게는 그녀의 외로움이 전해져 온다.
