우주비행사 스펜서 아마코스트는 우주에서 동료와 함께 인공위성을 수리하던 중 외계의 알 수 없는 힘과 접촉되고 지구와 송신이 두절되어 2분간 완벽하게 암흑의 순간을 보낸 후 깨어나 지구로 귀환한다. 미국의 히어로라는 칭호로 환영을 받은 두 비행사에게 변화의 음산함이 조금씩 다가오는 중, 스펜서의 동료가 뇌출혈로 의문의 죽음을 당하고 그의 부인도 따라서 자살한다. 자살한 여인의 몸 속에는 쌍둥이가 자라고 있었으며, 부검 결과 바로 남편이 우주에서 돌아온 다음 임신이 되었음을 알게 된다. 놀라운 사실은 스펜서의 아내 질리안 역시 남편의 공격적인 성행위를 받은 후 쌍둥이를 임신하게 된 것이다. 스펜서는 자의로 은퇴하여 아내와 함께 뉴욕시로 이사를 하여 첨단 전투항공기 제작회사의 중역으로 활동한다. 질리안은 쌍둥이 태아가 자라는 과정을 기쁘게 경험하기보다는 감시조로 지켜보는 스펜서의 기이한 행동의 변화에 불안감을 느끼며, 침울함과 소외감으로 남편을 두려워한다. 그사이 나사항공국의 직원 셔먼 리스가 질리안에게 접근하여 스펜서가 우주에서 잃어버렸던 2분간의 비밀을 밝히고자 시도한다. 외계인의 시그날에 의해서 스펜서의 두뇌의 모든 것이 지워지고 다른 지능으로 대체 되었다는 것이다. 그러니 질리안이 품고 있는 쌍둥이는 인간과 외계인의 혼혈라는 것이고, 정확하게 밝혀지지 않은 그들의 목적은 질리안을 공포속으로 몰아넣는데...
전투기 조종사인 미첼(코스타스 맨딜러 분)과 터너(아이스 티 분)는 군 동료이자 라이벌이다. 1986년 니카라과에서 미첼과 함께 작전을 수행하던 중 터너는 자신의 죽음을 위장해 비행기를 격추당하게 한다. 그로부터 세월이 흘러, 미첼은 스텔스기 조종사 과정을 마치고 대령이 되었지만, 그 동안 남편을 염려했던 아내 에린의 요구를 받아들여 보직 변경을 신청한다. 하지만 미 핵잠수함 노먼디 호가 실종되고, 필리핀에서 스텔스기를 탈취 당했을 뿐 아니라, 공격 위성 타나토스가 니카라과의 무기상인 메넨데즈의 수중에 들어가는 등 상황이 어려워지자 정부의 비밀 작전에 참가하기로 결정한다.
자신이 돌보던 환자가 사망하자 실의에 빠진 심장 전문의사인 매기(Maggie: 맥 라이언 분). 절망과 눈물, 슬픔의 힘겨움에 지칠때 검은 옷을 즐겨 입는 세스(Seth: 니콜라스 케이지 분)라는 남자가 다가와 그녀를 따뜻하게 위로하고 격려한다. 그러나 따스한 눈매의 이 인상 좋은 남자는 인간이 아닌 천사. 세스는 자신의 존재가 매기의 눈에는 보인다는 사실에 깊이 감동받는다. 그리고 점점 매기에게 빠져드는 세스. 순간 세스가 자신에게 매우 특별한 존재임을 깨닫는 매기. 두 사람은 천사와 인간 사이의 넘을 수 없는 장벽을 실감하지만 결국 사랑에 빠지고 만다. 그러나 동료 의사 조던의 청혼으로 갈등하던 메기는 세스를 찾아가 이별을 고하고, 세스는 인간이 되어 매기를 만나기 위해 '추락'을 결심한다. 인간이 된 세스는 고생 끝에 매기를 찾아 재회한다. 행복도 잠시, 매기가 안타깝게 교통 사고로 사망하고 만다.
