어느 날, 지구에 떨어진 정체불명의 거대물체! 그로 인해 토큐저의 기술과 무기는 악당들에게 통하지 않게 되고 설상가상, 어린 아이의 모습으로 변해버리고 만다. 지구를 구할 수 있는 시간은 단 하루 뿐! 토큐저와 쿄류저는 힘을 모으기로 결심하는데... 과연, 최강의 악당에 맞선 두 히어로들은 지구를 구해낼 수 있을 것인가?!
가이아 메모리와 코어메달로부터 공포의 거대 에너지체가 등장. 가면라이더 코어(C)라 자칭하게 된다. 그 힘을 막기 위해 2명의 라이더는 지구 깊숙한 중심 속의 「기억의 샘의 결정」으로 향한다. 한편, 테루이 류는 아키코를 지키기 위해 가면라이더 액셀(A)이 되어 프테라노돈야미에 맞선다!
