Retired samurai Kumosuke lives quietly, not to say idly, in Edo (old Tokyo) with his wife and two children, a young boy named Shinnosuke and an infant girl, Ohana. While he nominally runs a courier business to earn a living, he seems to spend most of his time smoking his pipe, drinking sake, and chasing women. The arrival of a Shinsengumi squad led by a young swordswman, Ichimonji Hyougo, disrupts this peaceful routine, forcing Kumosuke to defend himself.
지구연방은 지온에 대한 대반격 ‘오데사 작전’을 준비한다. 그러나 아무로는 사소한 다툼으로 건담을 훔쳐 탈영하고, 다양한 만남과 처참한 이별들을 겪는다. 전쟁의 패배가 죽음으로 직결된다는 것을 가르쳐 준 강적 란바 랄, 화이트베이스의 맏형으로서 아무로를 구하기 위해 목숨을 건 류 호세이, 아무로가 짝사랑하던 마틸다 중위 등, 슬픔으로 가득 찬 전장에서 사라지는 수많은 생명들이 아무로를 점차 뉴타입으로 각성시킨다.
우주세기 0079. 스페이스 콜로니 사이드 3은 지온 공국이란 이름을 내걸고 지구연방에 대하여 독립전쟁을 일으킨다. 연방군이 비밀리에 개발 중인 모빌슈트를 노린 지온의 샤아 아즈나블은 스페이스 콜로니 사이드 7을 급습하고, 평범한 소년 아무로 레이는 아버지가 개발하고 있던 모빌슈트 건담에 우연히 탑승해 지온군을 격파한다. 건담의 위대한 전설이 이제 시작된다.
무대는 지금으로부터 머나먼 미래. 인류는 기술 발전의 폐해로 환경 파괴에 의해 멸망해 가는 지구를 재생시키기 위해 식민행성으로 이주했다. 컴퓨터 관리에 의해 정연히 살아가는 인류. 그 중에서 돌연변이로 탄생한 특수한 능력을 지닌 '뮤'라는 존재는 소외당한다. 가혹하게 탄압당하는 뮤들은 정부의 눈에서 벗어나 숨을 죽이면서도 자신들의 존재의의를 생각하며 지구로의 귀환을 꿈꾸고 있었다. 뮤의 리더인 솔저 블루는 아타락시아에 사는 소년 죠미를 자신의 후계자로 고르고 그 꿈을 계승시킨다. "고향인 지구로 돌아간다..." 그런 강렬한 소망을 품은 그들의 지구를 향하는 싸움이 시작된다. 모체의 출산이라는 현상을 거부하고 인공적이며 계획적으로 인간을 탄생시키는 SD(Superior Dominance) 체제. 핏줄로 이어지지 않은 가정 내에서 양육된 아이들은 14살이 되면 성인식을 치르고, 그 이후에는 어린 시절에 대한 기억이 희미해져 그 공백을 그랜드 마더로 통칭되는 체제에 대한 충성심으로 메우게 된다. 교육과정을 통해 아이를 기르거나, 정부요원 내지 군인이 되거나, 전문적인 기술자가 되는 길로 갈리며, 각각의 부류는 서로 다른 행성에서 생활하여 전체적인 교류가 적다.
거대 우주선에서 출격한 기계수들이 사오토메 연구소와 과학요새연구소를 습격한다. 과학요새연구소는 파괴되고, 무사시는 공중괴수 그랑겐에 의해 불귀의 객이 되고 만다. 게다가 그레이트 마징가의 테츠야도 광선괴수 피그트론의 공격을 받고 중상을 입는다. 사오토메 연구소는 무사시를 대신해 벤케이를 영입하고 새로이 겟타로보G를 출격시킨다. 그레이트 마징가도 신무기 ‘그레이트 부스터’를 장비하고 적의 사령탑인 우주선으로 향한다.
아득한 우주 저편에서 지구를 노리고 쳐들어온 공포의 대괴수 기르기르간. 그리고 거기에 맞서는 과학요새연구소와 사오토메 연구소. 하지만 서로에 대한 경쟁심으로 독자적인 행동을 취하는 겟타로보와 그레이트 마징가는 기르기르간의 마수에 속절없이 당하고 만다. 그러나 위기에 처한 지구를 구할 수 있는 것은 양대 슈퍼로봇 밖에 없다. 다시금 협력 체제를 정비한 그레이트 마징가와 겟타로보의 합동작전이 시작된다.
