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1327년 이탈리아 북부에 있는 베네딕트 수도원에서 그림 그리는 채식 수사 아델모의 시체가 발견되면서 수도원은 술렁이기 시작한다. 당시 교회의 청빈을 주장하는 프라시스코 수도회와 그를 반박하는 교황청 및 다른 교단들의 반목이 심화되자 이를 해결키 위해 이 수도원에서 각 교단이 모여 토론을 하기로 함으로써, 프란시스코 수사인 윌리엄(William of Baskerville: 숀 코넬리 분)은 수련 제자 아조(Adso of Melk: 크리스찬 슬레이터 분)를 데리고 이곳에 들른다. 뛰어난 두뇌의 소유자 윌리엄이 수도원이 심상치 않음을 간파하자 수도원장(The Abbot: 미쉘 론스데일 분)은 윌리엄에게 이 사건을 해결해 달라고 요청한다. 그러던 중 그리이스어 번역사가 다시 살해되고 요한 계시록의 예언대로 수사들이 죽음을 맞자 수도원은 악마의 역사가 시작됐다고 극도의 불안에 떤다. 서고를 은밀히 지키던 두 사람은 심야에도 서관에서 누군가가 책 한권을 훔쳐 달아나는 것을 목격하고 뒤를 밟았지만 그들이 발견한 것은 주방에서 정사를 벌이고 있는 마을처녀와 수도승. 가난한 마을 처녀는 그렇게 해서 식량을 구하고 있는 것이었다. 윌리엄은 사서와 보조사서의 행동을 수상쩍다고 느끼던 중 암호가 적인 양피지를 발견, 사서외엔 아무도 못들어 간다는 도서관에 비밀의 열쇠가 있다고 판단, 잠입을 시도하지만 실패한다. 한편 죽은 수사마다 혀와 손가락 끝에 검은 잉크자국이 베어 있는데. 그러던 사이에 이단 심문에서 유죄로 선고된 두 수도승, 여기에 마녀로 선고된 마을처녀도 함께 묶여서 세사람의 발아래 장작이 쌓이는 순간 윌리암은 범인을 알아내고 서고탑 안으로 들어가는데.
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어머니가 돌아가신 바스티안(Bastian : 바렛 올리버 분)은 상상력이 풍부하고 몽상을 좋아하는 국민학생이다. 등교길에 못된 아이들에게 시달리게 되자 어느 서점에 숨게 됐는데 거기서 '끝없는 이야기(The Neverending Story)'라는 아주 이상한 책을 발견하게 된다. 바스티안은 그 책을 가지고 나와 학교 다락에서 읽기 시작한다. '환타젠'이라는 환상의 세계에 나씽이라는 괴물에 의해 점차 호수와 산들이 하루 아침에 없어지고 있었다. 이곳에 살고 있는 수 많은 종족들이 공포에 떨고 있고, 이것을 여왕 '천진한 소녀'에게 보고키 위해 요귀와 난쟁이가 길을 떠난다. 하지만 여왕은 이름 모를 병에 죽어가고 있는데, 여왕의 병을 고칠 방법을 찾기 위해 소년 아트레이유(Atreyu : 노아 해서웨이 분)가 단신으로 구세주를 찾아 기나긴 여행길에 오른다. 근심의 늪에서 애마 알텍스도 잃고, 펠콘(Falkor)이라는 행운의 용을 타고 마침내 거울문에 당도한다. 그곳에는 진실된 인간의 아이 바로 책을 읽고 있는 바스티안의 모습이 비친다. 그리고 여왕의 병을 고치기 위해서는 인간 세상의 아이가 여왕의 새로운 이름을 지어주어야 된다는 비법을 알게 된다. 아트레유는 환타젠을 구할 수 있는 인간의 아이를 데리러 가기 위해 환상의 나라의 끝으로 날아가지만 폭풍에 휘말려 펠콘에서 떨어진다. 아트레유는 동굴 속에서 나씽의 부하 괴물을 처치하지만 결국 환타젠을 구할 임무를 완수하지 못하는데...