교토에 사는 내향적인 중학생 텐도 준은, 뜻밖의 일로 1200년 이전의 헤이안 시대에 타임슬립해 버린다. 거기에는 사람들이 두려워하는 '귀신'이라는 존재가 있었다. 준은 스님인 켄도에 의해 이끌려, 귀신과 싸우는 동안 귀신의 정체를 알게 되고 또한 자신의 출신 경위를 알게 된다. 그리고 진정으로 싸워야 할 상대가 누구인가를 깨달은 준은, 귀신들과 함께 목숨을 건 싸움을 건다.
오사카와 도쿄, 그리고 교토에서 유명한 문화재 도굴단인 '겐지보타루'의 일원들이 연이어 살해되는 사건이 일어난다. 교토를 방문하고 있던 코난 일행은 그 곳에서 겐지보타루의 소행으로 추측되는 불상 도난 사건을 전해듣고 살인 사건과 연관지어 수사를 시작한다.수사를 위해 고조 다리를 찾은 코난은 그 곳에서 고교생 탐정 헤이지를 만나고, 그와 함께 사건을 조사하기로 하는데...
In the last chapter of the Refrain Blue series, the bond between Yoshihiro Matsunaga and Nao Morisawa grows stronger, while Yoshihiro finally finds out the identify of the mysterious girl from the first chapter.
The second chapter in the Refrain Blue series focuses on Nao Morisawa and the events that happened at the summer camp last year, with her and Yoshihiro Matsunaga both unable to let go of feelings of the past.
The first chapter of the Refrain Blue series, tells about the recollection of Yoshihiro's past about various events of summer school, of the fate where encounter and separation are interwoven with each other, as Yoshiro and Matsunaga will pass the Toyo Gakuen and will arrive at summer school at seashore. A mysterious girl smiles as she watches Yoshiro who stands still at the seashore dusk.
