소녀 아스나는 아버지의 유품인 광석 라디오를 통해 우연히 듣게 된 신비한 음악에 매료된다. 다시 그 음악을 듣기 위해 자신만의 비밀장소로 향하던 길에 괴물에게 습격을 받게 되고, 슌이라는 소년이 나타나 아스나를 구해준다. 아가르타라는 곳에서 왔다는 슌에게 두근거리는 감정을 갖게 된 아스나. 이튿날 그를 만나기 위해 약속 장소로 다시 가지만 슌은 나타나지 않는다. 실망감으로 슬퍼하던 아스나는 신임 교사 모리사키로부터 지하 세계의 신화에 대해 듣게 되고 그것이 슌과 관련이 있음을 직감한다. 슌과 꼭 닮은 신과 그를 쫓는 비밀 조직 아크엔젤의 추격전에 휘말리게 된 아스나는 지하세계로 가는 문 앞까지 이끌려오게 되는데...
미래에서 온 수수께끼의 남자 패러독스. 가면 속에 숨은 그는 유성의 에이스 몬스터 스타더스트 드래곤을 빼앗고 시공을 초월해 듀얼리스트들과 세계를 위협한다. 위기에 빠진 네오 도미노 시티를 구하기 위해, 그리고 빼앗긴 스타더스트 드래곤을 되찾기 위해 시공을 초월해 주다이를 만난 유성은 역사를 뒤바꾸려고 하는 패러독스의 음모를 알게 되고, 전설의 듀얼리스트 ‘유희’의 시대로까지 거슬러간 그를 쫓아간다. 마침내 유희의 시대에 함께 모인 유성과 주다이는 세계를 구하기 위해서, 그리고 유성의 스타더스트 드래곤을 되찾기 위해 함께 힘을 모아 패러독스와의 최강의 듀얼을 시작하는데…
