뒤죽박죽이 되어버린 방학숙제! 전쟁에 휘말린 소중한 친구를 구출해라! 여름방학이 끝나고 학교에 등교한 닌자보이들. 란타로, 기마루, 신베가 1학년 교실에 들어가니 교실에서는 큰 소동이 벌어지고 있었는데, 바로 키산타가 오지않은 것. 거기다가 하필 실수로 1학년부터 6학년까지의 방학숙제가 모두 뒤죽박죽 섞여버려 6학년 방학숙제가 키산타에게 배정이 되어버린 상황. 숙제의 내용은 “땅거미성 성주의 속옷을 가져와라!” 한편 땅거미성은 해질녘성과 한창 전쟁을 벌이고 있고 교장선생님의 호령으로 친구를 구하기 위해 닌자학교 학생들이 전원 출동하여 구출작전을 벌이게 되는데...
「파동전설」이야기가 전해져 내려오고 있는 로타마을에서 수백년전 「세계가 시작하는 나무」의 힘으로 싸움을 멈춘 「파동의 용사 아론」을 기리는 축제가 한창이었다. 마을에 방문한 지우 일행은 그 해 용사를 정하는 포켓몬 시합에 나가 치열한 싸움끝에 멋지게 우승하여 「파동의 용사」가 되어 아론의 자팡이를 상으로 받는다. 그런데 그때 지팡이의 돌 장식이 빛을 내면서 봉인되었던 「루카리오」가 나타난다. 지우 일행은 피카츄를 데려간 「뮤」를 찾기 위해 루카리오와 함께 「세계가 시작하는 나무」를 향해 여행을 떠난다.
