시냅스에서 떨어진 귀엽고 섹시한 엔젤로이드들과 동거하고 있는 토모키는 그야말로 평범한 평화주의자다. 그 중 최강의 엔젤로이드인 이카로스는 토모키를 마스터로 섬기고 있다. 아무런 감정 없이 토모키에게 절대 복종을 하던 이카로스는 어느날 부턴가 토모키에게 적극적으로 구애를 하는 다른 엔젤로이드들에게 질투를 느끼기 시작한다. 그리고 잃었던 기억이 돌아오면서 충격적인 기억을 떠올리게 된다. 이런 이카로스의 마음을 눈치 채지 못한 토모키. 그는 이카로스가 웃지 않는 이유를 자유롭지 않기 때문이라고 오해하여 더이상 자신에게 순종할 필요가 없다고 선언, 주종관계를 이어주던 사슬을 풀어준다. 하지만 이로 인해 이카로스는 더욱 큰 고민에 빠지게 된다. 사랑을 시작한 엔젤로이드. 또 그녀를 특별히 아끼는 토모키. 이와 연결된 시냅스의 운명. 최후의 이야기가 지금 시작된다.
토모키를 오랫동안 짝사랑하던 히요리는 큰 마음을 먹고 자신의 마음을 토모키에게 고백한다. 그러나 그의 대답을 들으러 가는 길에 히요리는 사고로 죽게 된다. 히요리는 토모키가 보고 싶은 마음에 자발적으로 엔젤로이드가 돼, 제타라는 이름으로 다시 지상에 내려온다. 하지만 제타는 이미 적에게 세뇌 당한 엔젤로이드. 그녀는 토모키를 죽이라는 마스터의 명령을 받아 자신이 살던 마을을 파괴한다. 다른 엔젤로이드들이 히요리를 적으로부터 구해내려고 노력하지만, 그럴수록 제타의 폭주는 그칠 줄 모르는데…. 과연 엔젤로이드들은 무사히 히요리를 구할 수 있을까?
