「가면라이더」와「슈퍼전대」 시리즈가 공동 출연한 「가면라이더×슈퍼전대 슈퍼 히어로 대전」(2012)에 이은 「슈퍼 히어로 대전」시리즈 제 2탄으로, 새롭게 「우주형사 갸반」외 메탈 히어로 시리즈의 우주형사도 참전. 일찍이 비밀결사 쇼커가, 마법의 힘으로 스페이스 쇼커로서 새로 태어났다. 우주 전역에서 마법의 폭주 현상이 발생해, 소우마 하루토=가면라이더 위저드는, 그 현상을 일으킨 장본인으로서 은하 연방 경찰로부터 파견된 쥬몬지 게키=우주 형사 갸반의 공격을 받는다. 또, 스페이스 쇼커를 추적하던 게키는, 우주 형사 샤리반이 넘어뜨렸을 범죄 조직 마도와 조우. 은하 연방경찰은 초차원포를 사용해 지구마다 마도와 스페이스 쇼커를 소멸시키려 하는데....
Edo is a city that was home to the vigor and ambition of samurai across the country. However, following feudal Japan's surrender to powerful aliens known as the "Amanto," those aspirations now seem unachievable. With the once-influential shogunate rebuilt as a puppet government, a new law is passed that promptly prohibits all swords in public.