슈퍼맨과 조드 장군의 격렬한 전투 이후 메트로폴리스는 파괴되었고 슈퍼맨은 세계 최고 논쟁의 인물이 되어 버린다. 검증되지 않은 신과 같은 능력을 지닌 슈퍼맨의 등장에 사람들은 두려움에 빠지게 된다. 한편 배트맨은 그 동안 타락했던 많은 자들처럼 슈퍼맨 역시 언젠가 타락을 할 것이라 생각하며 사회에서 가장 위험한 존재로 여긴다. 세계의 미래를 위해 무모하고 제어할 수 없는 힘을 가진 슈퍼맨으로 인해 벌어졌던 일들을 바로 잡으려 한다. 배트맨과 슈퍼맨이 격돌하는 사이 인류를 위협할 새로운 위기가 빠르게 부상하기 시작하는데...
무리한 자원 채취로 크립톤 행성의 종말이 다가오자 조드 장군은 반란을 일으켜 자신들만의 왕국을 건설하려 한다. 이에 반대한 조엘은 크립톤인의 유전자 정보가 담긴 코덱스를 빼돌려 이를 갓 태어난 자신의 아들 칼엘과 함께 지구로 보내고, 반란에 실패한 조드 장군은 감옥에 갇힌다. 지구에 도착한 칼엘은 뒤늦게 자신의 정체를 알아내지만 감옥에서 탈출한 조드 장군의 공격을 받는다. 조드 장군은 코덱스를 되찾아 지구에 새로운 왕국을 건설하려 하고클라크 켄트는 자신을 그토록 괴롭혔던 지구인을 지키기 위해 조드 장군과 전면 승부를 벌인다.
