아동 심리학자인 크로우 박사(브루스 윌리스)는 필라델피아 주지사에게 아동을 위해 기여했다는 공로로 상을 받는다. 그날 밤, 부인과 함께 2층에 올라간 말콤 박사는 낯선 침입자를 발견하게 된다. 그 침입자는 몇 년 전 말콤 박사가 치료를 맡았던 '빈센트 그레이'라는 환자인데, 박사는 그에게 총상을 입고 그는 자살한다. 이듬 해 가을, 총상에서 회복한 크로우 박사는 '콜 시어'라는 자폐증에 걸린 8살 된 소년의 정신 치료를 맡게 된다. 콜은 처음엔 쉽게 마음을 열지 않다가 박사의 계속된 노력으로 누구에게도 말하지 않은 비밀을 말한다. 즉 콜은 항상 귀신들이 보이며, 귀신들은 자신이 죽었는지조차 모르고, 보고 싶은 것만 본다고 이야기한다. 박사는 쉽게 믿으려 하지를 않고 마침 부인의 외도를 목격한 후 콜의 치료를 포기하려고 한다. 그러다가 박사는 옛 환자였던 빈센트와의 상담 녹음 테잎에서 귀신의 소리인 듯한 소리를 듣게 되고 콜을 찾아가 콜이 귀신에 대한 공포를 이겨내는 걸 돕게 된다.
FBI 요원 아트 제프리(Arthur 'Art' Jeffries: 브루스 윌리스 분)는 자신의 공작 활동이 실패로 돌아가자 희생양이 되며 FBI 조직에서 배척 받게 된다. 그는 배신감과 좌절감으로 괴로워하며 철저히 세상으로부터 소외당한다. 그러던 중 그는 의문의 살해를 당한 어느 부부의 어린 아들인 시몬(Simon Lynch: 미코 휴스 분)의 실종을 추적하라는 새로운 임무를 맡게 된다. 살인 현장인 집을 수색하고 마침내 시몬을 발견하게 된다. 시몬은 자폐증세가 있었으나 부모가 살해당하는 처참한 장면을 직접 목격한 후 더 자폐증 증세가 심해진다. 제프리는 본능적으로 자신이 경험한 고통과 소외감을 시몬으로부터도 느끼며 그를 경찰 감시하에 병원 진료를 받도록 한다. 그러나 시몬을 제거하려는 NSA의 음모를 눈치챈 제프리는 경찰과 NSA의 감시를 뚫고 시몬을 데리고 멀고도 험한 도주의 길을 떠난다. 보통 소년이 아닌 시몬은 컴퓨터 천재로 우연히 국방 일급비밀인 코드명 '머큐리'를 해독하게 되는데, 그것은 미국의 전 세계를 대상으로 한 스파이 활동을 보장해 주는 비밀 코드명이었다.
해스 박사(아놀드 슈왈츠네거 분)는 아주 안전한 임신을 보장하는 마술적인 약 개발에 일생을 바치며 실험실과 결혼한 의사이며 그의 동료인 아보개스트 박사도 자신의 가정은 까마득히 잊은채 남의 가정 문제 해결자로 불임부부를 위하여 수정임신을 연구하는 괴짜 산부인과 의사이다. 그들의 라이벌인 난자 저온학 전문의인 여의사 레딘 박사(엠마 톰슨 분)는 난자를 냉동 보관하는데 성공을 하였지만 실제로는 용기가 나질 않아 행동에 옮기지 못하고 있다. 그러나 두 남자 의사들은 그 인공 수정체를 훔치게되고 해스 박사에게 꼭 미관 임신 가능성의 실험을 하게 되는데 그 가능성은 현실로 나타나 임신의 증상인, 피부가 부드러워지고 기분이 달라지는등 임산부의 과정을 똑같이 겪게 된다. 한편, 해스 박사와 레딘 박사는 같은 실험실을 사용하지만 서로의 관계는 썩 좋지 않다. 그러나 해스박사의 이상한 행동과 변화과정을 지켜보게 되면서 레딘 박사에 대한 해스의 저돌적인 사랑에 혼돈을 느끼지만 마침내 둘은 사랑에 빠지게 되고 그녀는 남자인 해스박사가 아이를 출산하는 과정을 지켜보게 되는데...
동성연애자인 변호사 앤드류는 필라델피아에서 가장 이름있는 법률사무소에 입사하여 촉망받는 변호사로 발돋움한다. 그러던 중 그는 회사의 역사상 가장 중대한 재판을 맡아 '하이라인'사의 변호를 하게 된다. 회사에서 동성연애자를 혐오한다는 것을 알고, 앤드류는 동성연애자라는 사실과 에이즈 환자임을 숨겨왔다. 열심히 일하던 그는 뜻하지 않은 사건에 부딪힌다. 자신이 완성해 놓은 하이라인사의 고소장이 마감 전날 사라진 것이다. 그 일로 인해 그는 회사로부터 해고 당한다. 자신의 해고가 계획된 것이라 생각한 그는 법률사무소 대표 찰스를 상대로 소송을 제기하고자 이전 자신의 라이벌이었던 변호사 조를 찾아간다. 조는 처음엔 앤드류가 에이즈 환자라는 이유로 거절하나 결국 그의 신념과 확신에 끌려 법정 투쟁에 들어간다. 그리하여 그는 앤드류가 해고당한 이유는 그의 능력 부족이 아니라 에이즈 때문이며, 질병으로 인한 해고는 차별이며 위법임을 입증한다. 자신의 권리와 명예를 회복한 앤드류는 얼마후 조용히 눈을 감는다. 재판이 끝날 때까지 죽을지 모르는 상태에서도 앤드류는 자신의 권리를 끝까지 지키겠다는 신념으로 싸워나가며, 조는 인간의 권리와 사회의 정의는 개인의 성별, 인종, 종교, 성적취향에 상관없이 동등하게 실현되어야 한다는 공통된 생각으로 세상 사람들의 편견과 싸워 나가리라 결심한다.
