가까운 미래, 기후변화로 인해 지구에 갖가지 자연재해가 속출한다. 세계 정부 연합은 더 이상의 재난을 예방하기 위해 세계 인공위성 조직망을 통해 날씨를 조종할 수 있는 '더치보이 프로그램'을 개발한다. 하지만 프로그램에 문제가 생기면서 두바이의 쓰나미와 홍콩의 용암 분출, 리우의 혹한, 모스크바의 폭염까지, 세계 곳곳에서 일어날 수 없는 기상이변이 일어나는데...
뉴욕 경찰 에드워드는 용의자를 추적 중 그가 건물을 기어오르고 허공을 떠오르는 등의 장면을 목격한다. 용의자는 지구가 멸망할 것이라 주장하며 투신 자살을 하고 에드워드는 검은 양복을 입은 MIB요원 캐이를 만난다. 캐이는 에드워드의 탁월한 능력을 알아차리고 그를 비밀 요원으로 발탁한다. MIB는 지구인의 모습으로 살고 있는 외계인들을 감시하고 외계인의 정체를 보호하며 혹시라도 일반인이 그들이 외계인임을 알아차리면 기억 말소 장치를 이용해 외계인들을 보호한다. 그러나 사악한 바퀴벌레 외계인 에드가가 지구에 침투해 오면서 이민외계인들은 불안해 하는 등 동요하기 시작한다. 이 때 지구를 방문한 외교 사절이 암살당하는 사건이 발생해 은하계가 전면전에 돌입하자 지구는 멸망의 위기에 처한다. 지구를 지키고 우주의 평화를 지키기 위해 에드워드와 케이는 에드가와의 결전을 준비하는데...
