어벤져스의 패배 이후 지구는 초토화됐고 남은 절반의 사람들은 정신적 고통을 호소하며 하루하루를 근근이 버텨나간다. 와칸다에서 싸우다 생존한 히어로들과 우주의 타이탄 행성에서 싸우다 생존한 히어로들이 뿔뿔이 흩어졌는데, 아이언맨과 네뷸라는 우주를 떠돌고 있고 지구에 남아 있는 어벤져스 멤버들은 닉 퓨리가 마지막에 신호를 보내다 만 송신기만 들여다보며 혹시 모를 우주의 응답을 기다리는 중이다. 애초 히어로의 삶을 잠시 내려놓고 가족과 시간을 보내던 호크아이 역시 헤아릴 수 없는 마음의 상처를 입은 채 사라지고 마는데...
미로를 탈출한 토마스와 러너들은 자신들이 겪었던 위험한 실험에 미스터리한 조직 ‘위키드’가 관여된 것을 알게 되고, 그들의 정체를 밝혀 왜 이런 일들이 일어나고 있는지를 알아내기 위해 또 다시 탈출을 시도한다. 한 순간도 예측할 수 없는 위험들이 도사리고 있는 ‘스코치’에 도착한 러너들은 ‘위키드’에 대항하기 위해 결성된 저항 단체를 만나 그들과 함께 거대 조직에 맞설 준비를 한다. 하지만 ‘위키드’에 접근할수록 위험천만한 일들이 벌어지고, 조직이 비밀리에 준비 중인 또 다른 충격적인 계획을 알게 되는데...
치명적인 바이러스 시미안 플루로 인류가 거의 멸망하고 소수만이 살아남은 시대. 유인원들은 도시를 떠나 숲에서 그들의 세상을 만들었다. 도시는 폐허가 되었고, 10년간 인간과 유인원은 서로 다른 공간에 머물며 마주치지 않고 살아왔기 때문에 유인원들은 인간이 멸종한 것이 아닐까 추정하고 있다. 그 평화가 깨진 것은 도시의 비상전력이 다 소진되면서부터. 전력 공급을 위해서는 유인원이 거주하는 숲에 있는 댐을 재가동해야 한다. 우연히 두 존재가 마주치게 되자, 유인원과 인간은 평화를 지킬 것인가 무력을 써서 주도권을 가져야 하나를 두고 내부 마찰을 겪는데...
