우주에서 지구를 침략하러 온 케론별의 케로로 중사와 4명의 부하는 어느새 지구에서의 생활을 즐기고 있다. ‘우주’네 집에 얹혀살면서 몰래 침략의 기회를 엿보고 있어야 할 케로로는 장남인 ‘우주’와 사이가 좋아져서 오늘도 둘이 함께 너무나 좋아하는 건담 프라모델을 사러 나갔다가 돌아오는 길에 발견한 신비한 사당을 발견한다. 그리고 사당 안에 들어간 두 사람은 그곳에 놓여있던 단지를 깨고 만다.
에도 시대의 일본, 코끼리라는 커다란 동물이 어딘가에 살고 있다는 것이 너무도 신기하고 믿기지 않던 시절. 상점주인 야지(나가세 토모야)와 약물중독 배우 기타(나카무라 시치노스케)는 게이 커플이다. 이들은 기타의 약물중독을 치료하고 둘의 사랑을 확인하기 위해 어떤 소원이든 이루어진다는 이세를 향해 여행을 떠나고 웃음의 여관, 기쁨의 여관, 노래의 여관 등을 거치는 그들의 요절복통할 모험이 시작된다. 한편, 그들의 고향에선 야지의 부인(고이케 에이코)이 시체로 발견되고 야지를 범인으로 의심한 관리(아베 사다요)가 그를 추적하기 시작한다. 과연 두 사람은 무사히 이세에 도착, 그들만의 사랑을 완성할 수 있을까…